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首先，進行三糖鐵試驗和賴氨酸脫羧酶試驗。
煮沸三糖鐵瓊脂培養基2-3次，分裝試管後於121℃高壓滅菌鍋中滅菌15分鍾，此後製成高層斜麵，斜麵與底層比例為2：3。（注意：若培養基滅菌前不煮沸會造成瓊脂溶解不完全，在製備斜麵時會出現不凝固或凝固不完全的現象。）
自選擇性瓊脂平板上分別挑取2個以上典型或可疑菌落（示例BS平板上有兩種疑似菌落），接種三糖鐵瓊脂，先在斜麵劃線，再於底層穿刺（注意若先穿刺再劃線可能會導致含菌量太高，幹擾結果判別）；
接種針不要滅菌，直接接種賴氨酸脫羧酶試驗培養基（同時做氨基酸脫羧酶對照試驗，均加滅菌石蠟覆蓋培養基液麵）和營養瓊脂平板，於36℃±1℃培養18 h~24 h，必要時可延長至48 h。本管變紫色，對照管變黃色，為陽性；本管與對照管均變黃色為陰性。
三糖鐵試驗現象觀察：若為黃色，則為產酸，記為A；若為紅色，則為產堿，記為K；若底層變黑，則為硫化氫陽性；若出現氣泡或斷層，則為產氣陽性。在三糖鐵瓊脂和賴氨酸脫羧酶試驗培養基內，沙門氏菌屬的反應結果見表2。可知BS平板上的兩種（菌1和菌2）菌株均為可疑沙門氏菌屬。

之後，進行靛基質試驗、尿素酶試驗、氰化鉀試驗
從營養瓊脂平板上挑取單個菌落至無菌生理鹽水中，混勻細菌懸液，每個生化管加入100 μL菌懸液。於36 ℃±1 ℃培養18 h~24 h，必要時可延長至48h，注意蛋白腖水試驗結果觀察前需加Kovacs氏靛基質試劑2-3滴，有紅色環為陽性，不變色或黃色為陰性；尿素瓊脂紅色為陽性，不變色或黃色為陰性；進行氰化鉀試驗的同時需做氰化鉀試驗對照，氰化鉀對照生長，溶液變渾濁時，氰化鉀不生長為陰性，生長為陽性。
之後按表3判定結果。將已挑菌落的平板儲存 於2 ℃~5 ℃或室溫至少保留24h，以備必要時複查。

由表3可知，菌1表現為A1序號且無異常項，因此判定為沙門氏菌屬，如尿素、KCN 和賴氨酸脫羧酶3項中有1項異 常，按表4可判定為沙門氏菌。如有2項異常為非沙門氏菌。

菌2表現為A3序號，需補做ONPG。ONPG黃色或深黃色為陽性，無色為陰性。ONPG陰性為沙門氏菌，同時賴氨酸脫羧酶陽性，甲型副傷寒沙門氏菌為賴氨酸脫羧酶陰性。由於菌2為ONPG陰性且為賴氨酸脫羧酶陰性，因此為甲型副傷寒沙門氏菌。
此外，若疑似菌株表現為A2序號，需補做甘露醇和山梨醇試驗，沙門氏菌靛基質陽性變體兩項試驗結果均為陽性，但需要結合血清學鑒定結果進行判定。