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按照GB4789.4的檢驗流程，沙門氏菌的分離需要采用兩種平板進行分離，一種是BS瓊脂平板，另一種可從XLD/HE/沙門氏菌顯色中的任選一種。用接種環分別取TTB和SC增菌液，劃線接種於一個上述分離平板，按照相應培養條件進行分離培養。培養結束後，觀察平板上的菌落形態。
1、BS瓊脂
不同沙門氏菌在BS平板上會呈現不同的形態
①黑色、棕褐色有金屬光澤，周圍培養基呈黑色或棕色（如：傷寒沙門氏菌CMCC50071，鼠傷寒沙門氏菌ATCC14028，亞利桑那沙門氏菌CMCC47001等）
②灰綠色的菌落，周圍培養基不變色（如：甲型副傷寒沙門氏菌CMCC50093等）。
2、HE瓊脂
①菌落呈藍綠色或藍色，（典型沙門氏菌的菌落特征）
多數菌落中心黑色或幾乎全黑色（如：傷寒沙門氏菌CMCC（B）50071，鼠傷寒沙門氏菌ATCC14028等）
有些菌落無黑色中心（如：甲型副傷寒沙門氏菌CMCC50093等）
②菌落呈黃色，（非典型沙門氏菌的菌落特征）中心黑色或幾乎全黑色（如：少數可發酵乳糖的亞利桑那沙門氏菌）。
幹擾菌：若樣品中存在普通變形杆菌或大腸埃希氏菌等能夠發酵乳糖的細菌也會出現黃色菌落，從而對檢樣造成幹擾。
3、XLD瓊脂
沙門氏菌在XLD平板上的菌落特征為
①菌落呈粉紅色，
有中心黑色或全部為黑色（如：鼠傷寒沙門氏菌ATCC14028，腸炎沙門氏菌CMCC50760等）；
無黑色中心（如：甲型副傷寒沙門氏菌CMCC50093等）。
幹擾菌：若樣品中存在誌賀氏菌，也會出現這種形態的菌落，從而對檢樣造成幹擾。
②菌落呈黃色，帶或不帶黑色中心（如：少數可發酵乳糖的亞利桑那沙門氏菌）；
幹擾菌：若樣品中存在奇異變形杆菌或大腸埃希氏菌等能夠發酵乳糖的細菌也會出現黃色菌落，從而對檢樣造成幹擾。
4、沙門氏菌顯色培養基
沙門氏菌在沙門氏菌顯色平板上的菌落最好判斷，隻有一種情況，那就是呈現紫色或紫紅色，其他顏色的菌落均不是沙門氏菌。
選擇具有上述特征的菌落，進行後續的生化鑒定實驗。