胃腸道是一個開放的環境。在動物出生前，胃腸道是一條無菌的管道。動物出生時，細菌等微生物立即通過食物、飲水、土壤、空氣以及皮膚等途徑開始進入腸道，並在腸道中定植，形成腸道菌群。菌群是胃腸道中一個複雜的微生物群體，主要由細菌組成，具有非常重要的生理作用。據估計，在動物的胃腸道中棲居著大約 30 屬 500 多種細菌，主要由厭氧菌兼性厭氧菌和需氧菌組成，其中專性厭氧菌占99%以上，僅類杆菌及雙歧杆菌就占細菌總數的90%以上。正常腸道菌群是指在動物腸道內存在的微生物層，在正常情況下即動物處於健康狀態時，這些微生物並不會引起動物表現異常或發生致病現象，這一微生物層被稱為正常菌群或固有菌群和原籍菌群。這些正常菌群是動物機體內環境中不可缺少的組成部分，對動物宿主是有益無害的。在不同的部位，細菌的數量和種類都有所不同，形成了一個龐大而複雜的微生態係統。雖然隨著動物年齡增長、營養變化等因素的影響，腸道菌群可以發生變化。但是，腸道正常菌群的種類、每種細菌的數量及所占的比例、不同細菌所定植的部位等在每一種動物則是相對穩定的。一個穩定菌群的建立是一種複雜的過程。這個過程受宿主與菌群成員之間互作的影響。所以，腸道菌群自身以及與宿主之間始終處於一種動態的平衡中。這種平衡和穩定對動物機體的生理功能具有十分重要的作用，對宿主的健康具有深遠的影響。已經證實，動物的日糧、抗生素的使用以及給予益生素都會影響腸道菌群的組成。
從主要的功能和作用上分，腸道菌群一般可以分為有益菌、條件致病菌和病原菌 3 個部分。有益菌與宿主之間表現為共生關係，故又稱為共生細菌或共棲細菌，為專性厭氧菌，是腸道中的優勢菌群。共生一詞的意思是“坐在同一個餐桌上”。雖然共生細菌可以產生與宿主競爭營養的不利作用，但是，也具有生物拮抗、營養及免疫調節等對宿主有利的作用。共生細菌主要包括雙歧杆菌、乳杆菌、芽孢杆菌、以及丁酸梭菌等；條件致病菌也可以與宿主共生，以兼性需氧菌為主，為腸道中的非優勢菌群，在腸道微生態處於平衡狀態時是無害的，在特定的條件下具有侵襲性，對動物機體有害，如腸球菌、腸杆菌等；病原菌多為過路菌，長期定植的機會少，在腸道微生態平衡時，由於這些細菌數量少，不會致病。但是，如果大量繁殖使數量超出正常水平時，則可引起動物發病，如沙門氏菌、致病性大腸杆菌、梭狀芽孢杆菌等。
腸道中的共生細菌有許多有益的作用，可以通過定植粘附競爭占位等非免疫調節作用來穩定微生態環境，保持動物的健康，還可以通過提高機體的體液免疫水平和細胞免疫水平來增強機體的免疫防禦機能，提高動物的抗病能力。除此之外，共生細菌可以包括通過碳水化合物發酵產生能量、合成維生素如維生素B和 K 等對動物產生營養作用。這些作用對於保持動物的健康與生產性能都很重要的。
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