生物拮抗的方式有多種。乳杆菌、大腸埃希氏菌等能產生細菌素，可以抑製一些腸道病原菌的生長；某些真菌、放線菌能產生抗生素，抑製或殺死不同種的敏感病原菌；口腔中的血鏈球菌、陰道的乳杆菌能產生具有殺傷作用的過氧化氫；腸道正常菌群中，99%以上是厭氧菌，它們依靠其數量上的絕對優勢，在營養競爭方麵壓倒處於劣勢的需用氧性病原菌。還有一種方式稱為占位性保護。現在已經知道，病原菌侵入宿主機體後，首先要以其特殊結構（配體）和機體的粘膜上皮細胞表麵的特異性受體相結合。也就是說，病原菌和宿主細胞粘附在一起是引起感染的第一步。如果這些細胞受體早已被正常菌群的配體結合而“占位”，那麽後來的病原菌就無“位”可結合，當然不可能形成感染了。
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