人體腸道正常菌群與宿主間的關係，主要是互生關係，但在某些特殊條件下，亦會轉化成寄生關係，現介紹如下。
人體的大腸中經常生活著60〜400種不同的微生物，在一個人的腸道中，占糞便幹重三分之一的是細菌，總數約100萬億個。目前，腸道正常菌群中僅約10〜25%的種類已經弄清楚。其中厭氧菌占了優勢。在厭氧菌中，以脆弱擬杆菌、產黑素擬杆菌和核梭形杆菌這三種無芽孢革蘭氏陰性厭氧菌含量最高。例如，每克濕糞中B.fragilis的含量就達1010〜1011；其次是Bifidobacterium.spp.(雙歧杆菌屑的一些種)。好氧菌的數量低於糞便含菌量的1%，主要種類是E.coli和糞鏈球菌。
人體腸道中的正常菌群對機體主要有以下幾方麵的作用：
(1)排阻、抑製外來致病菌 數量巨大的腸道正常菌群可排阻、抑製外來腸道致病菌，例如霍亂弧菌等的感染。
（2）提供若幹維生素 據研究，E.coli可在腸道中合成若幹種維生家供人體利用，例如維生索B1，B2，B6，B12，K，煙堿酸，泛酸，生物素和葉酸等。
（3）產生若幹酶類(枯草杆菌）會產生澱粉酶，有些細菌還產生蛋白酶和脂肪酶。
〔4〕一定程度的固氮作用 有人發現，新幾內亞人以甜薯作為其主糧（占食物的80〜90%），而甜薯是含蛋白質極低的食物。可是，當地人的蛋白質供應似乎並不缺少。經研究，發現其腸道內生活著一種能在厭氧條件下進行固氮的(肺炎克雷伯氏菌〉，它們可把固定的氮素通過腸壁進入血流，以補充人體蛋白質的不足。
（5）產生氣體和糞臭物質 腸道內的正常菌群在其代謝過程中會產生很多〔400〜650ml/天〕氣體，例如C02、CH4、H2、H2S和NH3等，還會產生胺類、吲哚和糞臭素等臭味物質。
當然，正像前已述及的，有的腸道正常菌群在著生部位改變或環境條件改變時會變成致病菌；有的在人們濫用抗生素或抵抗力減弱時會從弱勢菌變成優勢菌，例如白色假絲酵母，俗稱“白念”、一些耐藥性細菌、若幹黴菌和空腸彎曲菌等，從而引起人們患病。目前，人們已經可用口服某些活微生物製劑來治療由於長期服用廣譜抗生素而引起的正常菌群失調的腹瀉症，例如，含蠟狀芽孢杆菌的“促菌生”可為腸道創造良好的厭氧環境，促進兩歧雙歧杆菌的繁殖，以防治慢性腸炎、痢疾和幼兒腹瀉症；又如，含抗藥性糞鏈球菌的活菌製劑，可以治療因長期服用抗生素和磺胺類藥物引起的腸道正常菌群紊亂症及急、慢性腸炎，等等，這種活微生物製劑又稱微生態製劑，很有發展前途。
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