隨著社會經濟和人民生活水平的提高，消費者對海產品的需求也迅速增長。三文魚以其新鮮的品質、獨特的口味、豐富的營養，受到越來越多人的青睞。三文魚屬於硬骨魚綱鮭形目鮭亞目鮭科的種類，挪威三文魚主要為大西洋鮭，芬蘭三文魚主要是養殖的大規格紅肉虹鱒，美國的三文魚主要是阿拉斯加鮭魚。目前，我國市場上進行人工養殖的三文魚大都是大西洋鮭。由於三文魚以生食居多，加之冷藏溫度不足以完全抑製有害微生物的生長，這就對其微生物指標要求較為嚴格。
三文魚受微生物感染的渠道
一般而言，新鮮海產品的微生物主要來源於其生長水域，且健康的海產動物的內部組織是無菌的。對於魚類而言，通常隻會在3個地方發現微生物的存在：身體表麵的粘液、腮及腸道。深海三文魚的生活水域較少引起三文魚感染食源性致病菌，三文魚受汙染多發生在捕撈後的挑選加工、清洗、運輸、貯藏等過程中。如果三文魚在死去後沒有立即去除內髒，腸內細菌會穿過腸壁進入內腔，導致其體內其他組織感染到腸道中的致病菌。
根據深圳市疾病預防控製中心2007年在各類型餐館的抽查結果顯示：三文魚較易受大腸杆菌和金黃色葡萄球菌的感染。三文魚的運輸、加冰貯存、切片、去皮、修整、銷售等各個環節中的環境衛生、溫度控製、加工工具以及操作人員的衛生情況，都會影響三文魚的衛生狀況，從而導致其受微生物感染。為了減少致病菌的感染，冰鮮三文魚生產商應該建立三文魚加工過程中的HACCP，對加工環境、工具及操作人員進行有效控製，這可以有效減低生食三文魚感染致病菌的幾率。
如何選擇新鮮三文魚
冰藏是三文魚的保鮮方法，但冰藏有一定的時效性，並不能在長時間內完全抑製三文魚內部活性酶及微生物的生長。判斷三文魚是否新鮮最直接簡易的方法是從感官（如色澤，氣溫，肌肉紋理以及口感）進行判別。三文魚體內的氧化三甲胺含量較高，若保存不當，腐敗菌會將三甲胺還原成三甲胺氮，三甲胺氮的含量越高，海水魚特有的腐臭味越明顯，品質就越差。
一般而言，覆冰三文魚最佳保鮮時期為1天。消費者在選購生食三文魚應盡量選擇冰藏期在1天的三文魚，同時選擇衛生條件良好的餐館。
三文魚的檢測
目前國內暫時沒有國家標準針對冰鮮生食三文魚中微生物的限量作出規定，在日常檢測工作可根據地方標準（如DB46/118-2008《生食三文魚、龍蝦衛生標準》）或企業標準進行檢測及判定。
DB46/118-2008對菌落總數，大腸菌群以及致病菌（沙門氏菌、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、單增李斯特氏菌）均做出了規定，同時還規定了一些理化指標。生產企業在自行製定企業標準時，可以參考該標準內容。
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