1994 年，《伯傑氏細菌學鑒定手冊》第九版出版。該手冊根據表型特征把細菌分為四個類別， 35 群。“手冊''第九版與過去的版本相比較，具有以下特點：① 該書的目的隻是為了鑒別那些已被描述和培養的細菌，並不把係統分類和鑒定信息結合起來；② 其內容的編排嚴格按照表型特征，所選擇的排列是實用的，為了有利於細菌的鑒定，並不試圖提供一個自然分類係統；③ 手冊抽取了《伯傑氏係統細菌學手冊》四卷的表型信息，並包括了盡可能多的新的分類單元，其有效發表的截止日期是 1991 年 1 月。
在 1984 ～ 1989 年間，“手冊”的出版者出版了《伯傑氏係統細菌學手冊》 (Bergey , s Manual of Systematic Bacteriology ，簡稱“係統分類學手冊” ) 。該手冊與《伯傑氏細菌學鑒定手冊》有很大不同，首先是在各級分類單元中廣泛采用細胞化學分析、數值分類方法和核酸技術，尤其是 16S rRNA 寡核苷酸序列分析技術，以闡明細菌的親緣關係，並對第八版手冊的分類作了必要的調整。例如，“係統細菌學手冊”根據細胞化學、比較細胞學和 16S rRNA 寡核苷酸序列分析的研究結果，將原核生物界分為四個門。由於這個手冊的內容包括了較多的細菌係統分類資料，定名《伯傑氏係統細菌學手冊》，反映了細菌分類從人為的分類體係向自然的分類體係所發生的變化。為使發表的材料及時反映新進展，並考慮使用者的方便，該手冊分四卷出版。第一卷 (1984 年 ) 內容為一般、醫學或工業的革蘭氏陰性細菌。第二卷 (1986 年 ) 為放線菌以外的革蘭氏陽性細菌。第三卷 (1989 年 ) 為古細菌和其他的革蘭氏陰性細菌。第四卷 (1989 年 ) 為放線菌。 2000 年， Bergey , s Manual of Systematic Bacteriology 第二版編輯完成並分成 5 卷陸續出版。在此第二版中，細菌域分為 16 門， 26 組， 27 綱， 62 目， 163 科， 814 屬，收集了 4 727 個種。古菌域分為 2 門， 5 組， 8 綱， 11 目， 17 科， 63 屬，收集了 208 個種。供收集進原核微生物 4 935 個種。
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