斯坦尼等人在1962年提出原核生物的概念，表明細菌是一群與其他生物有明顯界限而又有關聯的單細胞生物。1981年由斯坦尼等主編的第1版《原核生物》，對原核生物界的全麵認識起到了重要作用。
1991年由伯隆斯等主編的第2版《原核生物》，完全遵照原核生物係統發育的順序描述了每個分支上細菌的屬或更高的分類單元。這個原核生物係統發育是以伍斯的核糖體RNA序列同源性為基礎，首次為單細胞的原核生物建立了真正的係統發育樹。
第2版《原核生物》在主題編排上與第1版有本質的不同。第2版完全按照係統發育樹進行了各章節的編排。當然這也存在某些問題，一是一些表觀特征相近而係統發育上無關的菌群將在不同章節中描述；二是一些係統發育不確定的菌群無法歸屬。為了解決這些矛盾，第2版將所有內容分為6部分：
a、引言：介紹微生物學的廣泛性、原核生物的多樣性、係統發育、分離鑒定、保藏及應用。
b、包括如下章節：原核生物的生命周期、習性、厭氧生長、相互作用，並在一係列概要性的章節中介紹了人們所熟悉的表觀特征群。
c、按照係統發育學，介紹古生菌有關的目和屬。
d、按照係統發育學，介紹細菌域中的各個分支，這部分是《原核生物》的主要內容。
e、包括那些 已建立了固定的共生作用的微生物。
f、包括還未確定係統發育關係的菌群。
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