微生物的共代謝是指：隻有當初級能源物質存在時微生物才能進行有機化合物的生物降解過程。共代謝不但存在於微生物在正常生長代謝過程中對非生長底物的共同氧化，而且也適用於休止細胞（resting cell）對不利用底物的共同氧化。
許多研究結果表明，微生物隻有當初級能源物質存在時才能通過其誘導酶係完成氧化脫氯。例如：以甲烷和甲醇作為初級能源物質，甲烷營養菌就能夠共代謝三氯乙烯，並檢測到了乙醛酸和三氯乙酸等中間代謝產物；某些能分解代謝苯酚或甲苯的微生物也具有共代謝三氯乙烯及二氯乙烯的能力；一種生長在檸檬酸介質中的細菌能降解多氯乙烯等。究其原因，是因為微生物本身不能直接利用含氯有機化合物，因此必須有其他能被微生物代謝的碳源和能源物質時才能生長，並通過它們在氧化過程所產生的能量使含氯有機化合物氧化降解。
在厭氧環境中，還原脫氯是含氯有機物降解的第一步，因此也必須有其他能夠被厭氧微生物利用的底物存在時，通過底物的代謝產生還原功使含氯有機物還原脫氯，因此產甲烷條件有利於氯乙烯和氯乙烷的生物轉化。許多在好氧條件下難降解的氯代芳烴，如六氯苯及多氯聯苯等也可以通過厭氧微生物的共代謝還原脫氯，形成毒性較小、更容易降解的部分脫氯中間產物，而且發現苯環上氯代程度越高，還原脫氯的速度反而越快。
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