美國媒體認為，這場疫情主要源頭，很可能來自羅納德·裏根醫學中心使用了帶有“超級細菌”的內窺鏡，導致患者感染。
被指為“罪魁禍首”的那款內窺鏡，是一款有特殊用途的內窺鏡，名為“十二指腸內窺鏡”。它主要用於診療胰髒炎、膽結石、膽管問題和癌症等。
它從口腔進入人的腸胃，而有一些內窺鏡則從肛門進入腸道。它的頂端主要在十二指腸（小腸的最前端，與胃連接）工作。
內窺鏡的頂端有光源和攝像頭等，使用“內窺鏡逆性膽管造影術”，產生影像。頂端還有一個“升降機”，主要用於調整觀察角度。
美國醫療設備消毒專家布雷特·彼得森說，“升降機”附近很容易滋生細菌，“升降機”連接的一根極細的“電線”，也很容易受到汙染。
內窺鏡的頂端還有噴嘴和通道，一些用來噴射氣體藥物，一些用來噴射液體藥物，還有一些是“微型機器人”的通道。這些噴嘴和通道也容易滋生細菌。即使嚴格消毒仍有可能有病菌殘留。
羅納德·裏根醫學中心相關人員介紹，院方從2014年6月開始使用日本奧林巴斯公司美國分公司製造的一款內窺鏡。多名患者出現不適後，院方已經改用另外一套更加嚴格的內窺鏡清洗和消毒程序。
但在2月19日，美國食品和藥物管理局向全國醫院發布通知，提醒醫生們注意：內窺鏡結構複雜、部件極小，極難清洗和消毒；即便是完全按照規定程序加以清洗，內窺鏡上仍有可能殘留病菌。
美聯社報道，美國平均每年有超過50萬人接受內窺鏡檢查。2013年1月至2014年12月，美國食品和藥物管理局接到75起可能因內窺鏡殘留病菌致人患病的報告，總共涉及135名患者。
2013年，美國伊利諾伊州曾發現有44人感染這種類似的“耐碳青黴烯類腸杆菌科細菌”，原因也是在接受“十二指腸內窺鏡”檢查時受到感染。
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