三、呼吸鏈
微生物從呼吸底物脫下的氫和電子向最終電子受體的傳遞過程中，要經過一係列的中間傳遞體，並有順序地進行，它們相互“連接 ”如同鏈條一樣，故稱為呼吸鏈。它主要由脫氫酶、輔酶Q和細胞色素等組分組成。在真核生物中，它主要存在於線粒體中；在原核生物中，則和細胞膜、中體結合在一起 。呼吸鏈的功能是傳遞H和電子，同時將電子傳遞過程中釋放的能量合成ATP。
四、ATP的產生
生物氧化的結果不僅使許多還原型輔酶工得到了再生，而且更重要的是產生了ATP，為生物體的生命活動提供了能量。ATP的產生就是電子從起始的電子供體經過呼吸鏈傳至最終電子受體的結果。
ATP是生物體內能量的主要傳遞者。微生物獲得能量後，都是先將它們轉換成ATP。當需要能量時，ATP分子上的高能鍵水解，重新釋放出能量。在體內這些能量和起催化作用的酶很好地產生偶聯作用，既可利用，又可重新貯存。另外，在pH為 7.0 的情況下ATP所含的自由能是-30.5KJ，這種分子既穩定，又比較容易引起反應，是微生物體內理想的能量傳遞者。因此，ATP對於微生物的生命活動具有重大的意義。
利用光能合成ATP的反應，稱為光合磷酸化。利用生物氧化過程中釋放的能量，合成 的反應，稱為氧化磷酸化。生物體內氧化磷酸化是普遍存在的，有機物降解反應和合成反應通過氧化還原而偶聯起來，使能量產生、貯存和釋放。
微生物通過氧化磷酸化生成ATP的方式有兩種：
1、底物水平磷酸化
在底物水平磷酸化中，分解代謝的中間產物的高能磷酸基團轉移給ADP，形成ATP。
由於脫掉一個水分子，1-磷酸甘油酸的低能酯鍵轉變為1-磷酸烯醇式丙酮酸中的高能烯醇鍵。這種高能連接的磷酸基團可以轉給ADP，產生ATP分子。在微生物代謝活動中，重要的高能磷酸化合物除上述一些物質外，還有1，3-二磷酸甘油酸、乙酰磷酸等。
催化底物水平磷酸化的酶係統是可溶性的，分散於細胞質內。底物水平磷酸化與氧無關，它是以發酵作用進行生物氧化取得能量 的唯一方式（如乙醇發酵 ）。以好氧呼吸和厭氧呼吸進行生物氧化的微生物中，雖然也有底物水平磷酸化，但它們是以電子傳遞磷酸化為主的。
2、電子傳遞磷酸化
在電子傳遞磷酸化中，通過呼吸鏈傳遞電子，將氧化過程中釋放的能量和ADP的磷酸化偶聯起來，形成ATP。1個NIDA分子，通過呼吸鏈進行氧化，可以產生3個ATP分子。
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