人體腸道菌群研究近年來掀起了一股熱潮。許多研究將這些我們體內的微生物與各種各樣的疾病聯係起來，如肥胖，糖尿病，還有癌症等等，人們也對腸道菌群治療的前景產生了美好的遐想。然而應該說對於這些還處於臨產前階段的研究成果，大多數還是“炒作”，尤其當一些公司參與進來的時候。
那麽什麽時候這些炒作能真正變成我們治療疾病的新希望呢，12月Cell雜誌上的綜述“From Hype to Hope: The Gut Microbiota in Enteric Infectious Disease”圍繞這一方麵展開了探討，指出人體腸道微生物目前最清楚的功能之一就是能抵抗腸道病原體在腸道中的侵占，因此重建微生物群將是一種很有希望的治療方法，但是這麵臨著很大的挑戰。
細菌遍布於我們的生活當中，人體微生物測序研究的第一個十年令我們了解到這種微小的生物在我們生活中占據了多大的份量，整個生物學領域，譬如生理學、免疫學和行為學都有它的身影。而對於腸道傳染疾病來說，我們對可以作為病原體屏障的腸道菌群的了解也日益加深。
科學家們現在知道了腸道菌群能主動參與疾病的預防和發生，這不禁令他們想到，如果能將丟失的微生物送回腸道中，是否就能趕走病原體，平衡係統，防止疾病。
2007年，美國NIH宣布將投入1億1500萬美元正式啟動醞釀了兩年之久的“人類微生物組計劃”，包括中國在內的十幾個國家計劃使用新一代DNA測序儀進行人類微生物組DNA的測序工作，此後陸續有成果出來，比如2010年，華大基因研究院王俊與法國國立研究中心的S.Dusko領導的國際研究小組首先完成了人體腸道菌群元基因組參考基因集的構建工作。
當時課題稱為“人類小腸元基因組學”項目，簡稱為MetaHIT。研究人員從丹麥和西班牙124位健康的、超重的和肥胖的成年人以及炎症患者提取的人腸道微生物菌落的一個基因目錄。所獲數據為了解這一基因組（比人類基因組大150倍）提供了第一手資料，並且表明這些基因大部分是在不同個體之間共享的。根據由這些基因所編碼的各種不同功能，研究人員就有可能來確定最小的腸道元基因組和最小的腸道細菌基因組。
治療急性傳染病
研究表明，抗生素會破壞腸道裏的微生態係統，但一般我們都會認為這隻是一個短期的改變，最終總會恢複。然而2010年的一項研究表明，抗生素可以導致人腸道中定居細菌的長期改變。由於腸道菌群的改變會增加一些慢性疾病的風險，因此每個療程的抗生素治療都可能是短期收益與長期風險的博弈。
比如艱難梭狀芽胞杆菌C. difficile就是最常見的一種造成抗生素腸道菌群傷害的微生物，每年大約會出現25萬起病例。在過去10年裏艱難梭狀芽胞杆菌引起了較大的感染流行率，該菌引發的感染往往很難治療，而且其使患者常常發生腹瀉、腹痛及惡心等症狀。
去年的一項研究表明，如果往小鼠胃腸道（GI）加入擬杆菌屬細菌，能產生特異性酶，有助於保護好的共生細菌免於受抗生素的有害影響。
這些擬杆菌屬細菌產生的酶，即β-內酰胺酶是抗生素耐藥性的重要原因，這種酶不僅保護產生β-內酰胺酶的細菌，同時也保護腸道微生物細菌種群中的其餘部分細菌。研究人員建立了腸道中有生成β-內酰胺酶的杆菌種群的小鼠，然後他們給所有小鼠服用頭孢曲鬆（β-內酰胺抗生素）三天，然後口服給予萬古黴素耐藥腸球菌，或C. difficile，結果顯示這有可能在服用抗生素的同時，避免腸道微生物的損失，避免病原體增殖。
同時，另外一項研究表明，糞便移植對於治療免疫受損病人艱難梭狀芽胞杆菌的感染有效且安全。研究人員利用糞便移植治療了許多免疫受損患者，而且研究人員正在尋找如何來描述免疫受損個體經過治療的感染治愈率；通過綜合分析研究者表示，糞便移植的總體治愈率可以達到89%，在糞便治療的個體中有12位病人在治療12周內發生了嚴重的副作用，其中有2位病人死亡，一人死於結腸鏡檢查過程中，另一位的死亡和糞便移植療法並無關聯。
這種所謂的糞便移植方法（fecal microbiota transplantation，FMT）簡單的說是將健康者的糞便導入腸道受感染的患者以抑製患者體內有害細菌滋生的治療措施。
在Nature上的一篇論文：Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile中，研究人員對小鼠和人類的腸道菌群進行了測序，以尋找能夠消除感染的細菌物種。他們發現在抗生素治療的小鼠中，抵抗艱難梭菌感染與C. scindens以及較小程度上另外的10種細菌種類強相關。對接受幹細胞移植操作、使得他們容易受到艱難梭菌感染的人類患者的腸道菌群進行類似研究，還指出了C. scindens是抵抗感染最有力的資源。
給予接受抗生素治療的艱難梭菌感染小鼠C. scindens，可顯著提高生存率顯著達到80%，而對照物質則隻有50%。C. scindens加上三個艱難梭菌抑製菌組成的一種雞尾酒增加有效，導致了100%的生存。此外，C. scindens和細菌雞尾酒的豐度與抵抗力顯著相關。
也許這種被不少人稱為“吃屎療法”的方法會讓你覺得惡心，但其實有不少中草藥就是動物糞便所製作，如望月砂等，所以說這也許未來就是一種頗具潛力的新治療方法。
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