腸道微生物群是存在人體腸道的微生物群體的總稱，其中包括了細菌、真菌、古菌以及原生物動植物（甚至病毒）等種類眾多的微生物。由於測序技術的提高，近二十年來，科學界越來越關注腸道微生物菌群。也有很多的證據表明，腸道微生物菌群對於人體的健康有著很大影響。這種影響不僅局限於腸道，還可能對大腦、肝髒這樣的器官產生影響，相反的，人體對腸道微生物也有影響。因此，未來我們或許可以通過調節腸道微生物菌群，對我們來管理我們的身體狀態。
近期發表在《Trends in Microbiology》的綜述文章，具體討論了從食物來源進入腸道的益生菌群體（主要是雙歧杆菌、乳酸菌和丙酸杆菌）是如何影響腸道原有的微生物群體的。從食物中進入人體的這三種微生物類群是常用在食品發酵工業中的微生物，從數量上來說，在腸道中占據著很大比例。
作者們分析了很多的臨床數據，綜述了一些研究文章，他們認為這些來自食物的菌群確實影響著腸道微生物群和宿主健康。從食物進入腸道的很多益生菌確實能夠進入小腸，而且躲過了胃裏的強酸環境而仍然頑強的或者，並還有生理活性，可以完成一些分子的合成代謝。這些微生物占據著正常腸道微生物群體的一部分，並且很多次在腸道微生物群的分析中被檢測出來。
實際上，很多研究都表明，通過食物進入人體的這些益生菌，對原有的微生物菌群的組成並沒有太大的影響，但是對某些特定的微生物群體會產生影響。例如，會導致產短鏈脂肪酸菌群增加，從而使得產蛋白菌群數量減少，這是這些微生物導致碳水化合物代謝變化的一個例子。此外，這些來自食物的微生物也會影響著嬰兒腸道微生物菌群的形成。
作者們認為，來自食物的益生菌能夠影響碳水化合物代謝的研究是很激動人心的。例如，這些細菌可以促進短鏈脂肪酸和丁酸鹽的合成增加，而減少蛋白質的合成量。已有的證據表明，蛋白合成量大和丁酸鹽合成量減少是對人體健康不利的。比如會造成腸道係統紊亂和導致二型糖尿病發病率的增加。
這就為這些益生菌為啥會是“益生菌”提供了證據。其他類型的益生菌代謝物，例如三甲胺，也被認為與心血管疾病已經氨基酸代謝密切關聯。
合理地選擇研究的微生物類型，並通過臨床研究來確認他們的功能，這或許能夠讓我們研發新一代的可食用益生菌，幫助我們解決身體困擾。
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