黑土之肥沃、甚至黑土之黑都與微生物活動息息相關。由於長期過度墾殖和管理不當，黑土區營養物質入不敷出，土壤結構及理化性質改變，微生物組成與活性隨之改變，有機質含量顯著下降，黑土質量逐步退化。
要保護東北黑土地土壤生態係統、發揮其生態服務功能，首先必須認識這一生態係統，也就是要回答以下幾個問題，即哪些微生物在哪兒？為什麽在那兒？在那兒做什麽？目前，相關研究嚴重滯後，原因之一是投入不足，更主要的是研究手段的長期欠缺。據估計，土壤中99%以上的微生物種類目前還不能夠人工培養。但近年來，基因組學、生物信息學、單細胞/單分子技術、穩定同位素技術等新研究手段迅速發展並廣泛運用，現在已經可以繞過人工培養這一限製步驟，高分辨率地解析任意一個環境中微生物的種類及其作用，因此，全麵啟動東北黑土微生物區係係統研究的時機已經成熟。
為此，建議：一是建立東北黑土微生物研究網絡，組織有關科研機構和大學的研究力量，分工協作，采用最新研究方法，對不同緯度、不同類別、不同植被覆蓋、不同耕作狀態的黑土生態係統開展長期的係統跟蹤研究，認識黑土微生物的區係特征，在有機質代謝、養分轉化中的作用以及對環境變化和管理手段的響應機製。二是建立東北黑土土壤微生物基因組庫和相應的數據庫，建立東北黑土地微生物區係檔案和土壤健康指標體係。三是以培育健康微生物區係為目標，對有機質還田、有機肥/化肥搭配、耕作方式、水分管理等手段進行評估和優化，形成政策措施，推動黑土地資源的可持續利用。
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