細菌的活動
大腸中的細菌在大腸的消化活動中扮演重要角色。空氣和食物中的細菌，經口腔進入消化道，由於結腸運動緩慢，溫度和pH值合適等，使細菌得以大量繁殖。大腸菌群主要包括腸杆菌科中韻埃希氏菌屬、檸檬酸綁菌屬、魔雷伯氏菌屬和腸杆菌屬。
細菌的作用
細菌中含有能分解食物殘渣的酶，對食物殘渣中的糖類和脂肪的分解叫做“發酵作用”，其分解產物有單糖、醋酸、乳酸、二氧化碳、沼氣、氫氣等。如這類產物過多，就會刺激大腸而引起腹瀉。大腸細菌還能利用大腸的內容物合成人體必需的某些維生素，如硫胺素、核黃素及葉酸等B族維生素和維生素K。
經細菌分解作用後的食物殘渣及其分解產物、腸黏膜的分泌物、脫落的腸上皮細胞和大量的細菌一起組成了糞便。
人體大腸內的細菌構成了一個巨大而複雜的生態係統，對於維持人體正常的內環境穩定具有十分重要的作用。大腸內的菌群組成在正常情況下是穩定的，微生物之間的相互作用是菌群調節的重要因素。腸道菌群還能產生各種物質抑製其他菌種生長，甚至以此作為自身調節的方式，控製自身生長，如大腸菌素和短鏈脂肪酸等，都具有抑製細菌繁殖的作用。
值得注意的是，任何抗生素都可導致結腸菌群的改變，如何改變取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。
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