根據國家法律和相關標準要求，微生物指標為產品出廠必檢項目。而當前國家標準檢測方法由於檢測周期長，對檢驗人員能力要求高等原因，在食品企業內沒有很好地開展，而在巴氏殺菌乳和發酵乳等保質期短的產品出廠檢驗中，不進行致病菌檢測已經是行業潛規則。
現行食品安全微生物學檢驗國家標準基本以培養分離法為主，而這些檢測方法由於人為幹擾、交叉汙染及其方法本身的局限性，會對檢測造成較大風險：可靠性較低、重現性較差、周期長、依賴專業人員的判斷能力和從業經驗等主觀因素，耗費人力物力，導致檢測風險變大而效率變低，妨礙了標準化質控管理，降低了用戶出具報告時的自信心。調研發現，現行標準的執行存在以下困難：
1.人為幹擾：大量人工操作、主觀判斷因素等導致批間差異較大，缺乏重現性。
2.交叉汙染：微生物環境、人員、器具和儀器之間易產生交叉汙染。
3.經驗缺乏：專業人員的培訓困難、耗時;同時實驗室檢驗人員的資質、經驗和主觀判斷力也極大影響了數據可靠性和檢驗結論的正確性。
4.方法局限：
1)靈敏度和特異性低，漏檢率高：如沙門氏菌檢出率比分子生物學方法低12.5%，大腸杆菌O157:H7檢出率低45.3%。國內食源性致病微生物監測能力有限，漏檢率極高。WHO顯示，發展中國家的漏檢率>95%。
2)培養基質量：國內的培養基質量層次不齊，影響檢測結果。
3)食品種類對檢出結果影響大：檢測結果易受抽樣品種和抽樣量影響。目前許多檢測法都沒通過權威機構的方法確認，可靠性得到不到保障。
4)背景菌幹擾或目標菌的狀態問題突出：目標菌受背景菌幹擾或處於非典型狀態，很難被培養和檢出。某些目標菌表型和血清型複雜，陽性菌落易被忽視或難以確認。
5.任務繁重：工作量大而集中。
6.人力、物力、時間成本大：傳統法檢測致病菌需要3~5天才能得到初步結果，無法滿足大工作量和處理突發事件的需要。
對乳品企業而言，自身的環境監測和生產過程控製比樣品檢測更為重要。確保廠區內潔淨作業區的設施和環境不會對產品帶來微生物汙染，才能真正保證產品安全。而傳統的方法很難滿足微生物風險評估、監測和汙染溯源的需求。麵對日益嚴峻的微生物風險的挑戰，麵對如此之多棘手的檢測難題，麵多越來越嚴格的法規要求，乳品企業急需基於DNA分析技術的高效檢測設備以滿足未來的應用需求。
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