The scientist雜誌對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點,兩項中國學者的測序成果格外引人注目。生物通 www.ebiotrade.com
種屬:絲葉狸藻(Utricularia gibba)
基因組:82 million bp生物通 www.ebiotrade.com
Buffalo大學、Barcelona大學等機構的研究人員測序了絲葉狸藻的基因組序列,並將結果發表在一月份的Molecular Biology and Evolution雜誌上。
絲葉狸藻的基因組包含28,500個編碼基因與挪威雲杉差不多,不過雲杉基因組比絲葉狸藻大250倍。研究人員發現,絲葉狸藻經曆過三次基因組加倍,應該是通過大規模DNA刪除形成這麽緊湊的基因組。在許多生物中,不少基因屬於同一個家族(按功能劃分)。但絲葉狸藻的基因大多是“單獨”的,一個基因負責一個特定的功能。生物通 www.ebiotrade.com
“絲葉狸藻經曆了如此大的DNA刪除,留下的基因一定有相當高的優勢,”文章的共同作者Victor Albert說。
研究顯示,絲葉狸藻擁有一些適應水中環境的獨特基因,這些基因涉及了細胞壁的生物合成,以及葉和根的發育調控。研究人員還鑒定了賦予絲葉狸藻食肉能力的基因,這些基因編碼著可消化肉類的酶,有些甚至類似於人類的胃蛋白酶。(原文:High gene family turnover rates and gene space adaptation in the compact genome of the carnivorous plant Utricularia gibba)生物通 www.ebiotrade.com
種屬:鉤蟲(Ancylostoma ceylanicum)
基因組:313 million bp生物通 www.ebiotrade.com
據統計,全世界有四億人受到鉤蟲的困擾。康奈爾大學、麻省大學、加州大學和加州理工的研究人員測序了鉤蟲Ancylostoma ceylanicum的基因組,並將結果發表在三月二日的Nature Genetics雜誌上。A. ceylanicum基因組包含約兩萬七千個蛋白編碼基因,另外還有一萬個基因編碼與寄生有關的短肽。研究顯示,至少有一個基因來自於細菌水平基因轉移。
A. ceylanicum既能感染人也能感染其他動物。研究人員在倉鼠中研究了鉤蟲致病的不同階段,通過基因表達數據鑒定了約九百個在感染初期上調的基因,這些基因編碼蛋白酶、核酸酶以及多種分泌蛋白。研究人員還確定了13個疫苗和藥物開發的潛在靶標。生物通 www.ebiotrade.com
除了有助於預防或治療鉤蟲感染,A. ceylanicum基因組還可以幫助人們理解鉤蟲對免疫係統的抑製,以及為何這種寄生蟲與近親線蟲相比體形更大壽命更長。(原文:The genome and transcriptome of the zoonotic hookworm Ancylostoma ceylanicum identify infection-specific gene families)
種屬:西藏青蛙(Nanorana parkeri)生物通 www.ebiotrade.com
基因組:2.3 billion bp
中科院昆明動物所、雲南大學、華大基因的研究人員日前完成了首個現代蛙類基因組測序。高山倭蛙(Nanorana parkeri)的基因組含有23,400個蛋白編碼基因,具有大量的長末端重複序列(LTR)。該基因組序列可以為人們提供高山倭蛙適應西藏極端環境(高海拔、溫差大、紫外線強、氧氣稀薄)的寶貴線索。生物通 www.ebiotrade.com
與之前測序的非洲爪蟾相比,這個雌性高山倭蛙的基因組多了800 million bp。這一差異主要來自於占高山倭蛙基因組48%的轉座元件。高山倭蛙基因組含有970 million bp轉座元件,其中大部分是長末端重複序列LTR,這與富含轉座子的非洲爪蟾不同。(延伸閱讀:達爾文誕辰Nature發表重要測序成果)
研究人員發現,高山倭蛙和非洲爪蟾的分歧時間大約在2.66億年前,與之前的爬行動物基因組研究相符。這麽長的進化史說明青蛙的進化速度比其他脊椎動物(比如鳥類和哺乳類)慢得多。生物通 www.ebiotrade.com
研究人員還發現了217個在青蛙中高度保守的基因,其中一些涉及了舌頭的發育,有助於理解這種動物快速伸長舌頭捕捉蒼蠅的能力。(原文:Whole-genome sequence of the Tibetan frog Nanorana parkeri and the comparative evolution of tetrapod genomes)
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