牧草品種的真假和種子質量的優劣直接關係到草業生產安全、農民增收和農（牧）區社會穩定。隨著農牧業生產對優良牧草品種需求的提高，每年進入市場的育成牧草新品種數量也在快速增加，各種優良牧草品種越來越受到青睞，種植麵積越來越大。而一些不法商家在利益驅動下，在種子生產經營過程中以假亂真、以次充好，坑農害農，擾亂市場秩序。假冒偽劣產品不僅給正規繁育的良種帶來了巨大的經濟損失，而且嚴重阻礙了牧草優良品種的推廣，產生了巨大的社會負麵效應，迫切需要研究製定準確可靠、快速簡便的品種鑒定方法。
品種鑒定傳統上主要采用形態學方法、田間小區法以及同工酶或種子貯藏蛋白電泳法。這些方法都不同程度地存在缺陷：當親緣關係很近或雜交種子彼此形態區別很小甚至沒有區別時，依靠形態特征不能鑒別；田間小區法又受到耗時長、費用大和占用土地等因素的限製；同工酶電泳技術能分析大量樣品，技術比較簡單，但是同工酶是基因表達的直接產物，具有特異性，可利用的數量少，多態性少，對酶的提取要求高，常因同工酶選擇不當而得不到鑒別結果；蛋白質電泳雖然準確性、穩定性、重複性、適用性好，但對親緣關係比較近的品種難以鑒別。
隨著育種親本利用的集中化，品種鑒定越來越困難，傳統的方法也就越來越不適應品種鑒定和純度分析，實踐中迫切需要開發新的檢測技術。利用分子標記技術建立的DNA指紋圖譜是鑒別品種、品係的有力工具。指紋圖譜具有高度的個體或基因型特異性，具有分辨率高、重複性好和簡單快速等優點。
常用的DNA指紋技術有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR等。不同的分子標記應用價值不同，RAPD技術具有簡單易行、自動化程度高、實驗周期短的優點，但對反應條件較敏感，重複性差；AFLP具有多態性高和穩定性好等優點，但所需DNA模板量大，操作步驟複雜，同時還是專利技術。與其他標記相比，SSR標記在DNA指紋庫構建上顯示了獨特的優越性。SSR標記數量豐富，覆蓋了整個基因組，揭示的多態性高，實驗重複性好，結果可靠性高；呈共顯性遺傳，符合孟德爾遺傳規律。雖然SSR引物的開發費用較高，但由於其巨大的應用潛力，在一些主要農作物中，SSR引物的開發正在進行，為該技術在作物品種鑒定中的應用提供良好的條件。
DNA指紋圖譜在國內起步較晚但發展迅速，並在很多行業包括農業上應用十分廣泛。首先，在育種上，利用分子標記篩選和定位農作物優良基因，加速了育種工作的進程。其次，構建品種指紋圖譜數據庫，從分子水平上鑒別新品種是否具有特異性、一致性和穩定性。第三，品種的指紋圖譜就是該品種的"身份證",可以判斷種子的生產經營活動是否構成對某一授權品種的侵權，為種子科學管理提供技術依據。第四，應用DNA指紋技術可鑒定品種的真實性和純度。目前我國已經對主要糧食和蔬菜的主要品種建立了標準指紋圖譜，為品種檢測提供依據。
國家《牧草種子檢驗規程》在品種鑒定中隻有豌豆、黑麥草和燕麥，而且沒有品種的標準譜帶，實際中不好用。在國際上，畜牧業發達的國家如加拿大、澳大利亞、新西蘭、美國等十分重視優良牧草品種的培育和鑒定，他們草原產值高出我國許多倍。我國的牧草育種家也在培育新的優良牧草品種，但與發達國家相比，與農作物中的蔬菜糧食及畜牧業的家畜改良相比，牧草品種的研究和鑒定技術還遠遠落後。
鑒於分子標記技術在牧草育種及品種鑒定中應用的巨大潛力，在農作物DNA指紋鑒定技術的基礎上，迅速開展牧草指紋圖譜的研究工作，建立牧草品種鑒定體係和我國主要牧草品種的DNA指紋圖譜數據庫，這對加強種子質量標準體係建設，監測良種質量（真偽、純度），防止偽劣種子流入市場，保護我國名、優、特種質的知識產權和育種家們的權益和廣大農民的利益等方麵具有重要意義，放眼將來，DNA指紋圖譜的應用前景廣闊。
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