當前，畜牧業和飼料工業麵臨的挑戰主要體現在兩個方麵，一是產品質量安全問題。二是發展問題。
現階段，我國畜產品和飼料質量安全相對於畜產品和飼料質量安全要求、食品安全的需求以及國際競爭力的需要，問題還比較突出。今年三鹿牌嬰幼兒奶粉事件的發生，對抓好畜產品和飼料質量安全起到了很好的警示作用。奶牛主產區普遍出現倒奶現象，個別地區出現宰殺奶牛現象，廣大奶農生產積極性受到沉重打擊；民族品牌信譽受損，一些國家（地區）禁止進口我國乳製品。
自2007年4月中國出口到美國的食品級穀物蛋白粉導致美國寵物事件發生以來，農業部高度重視飼料原料和飼料產品中“蛋白精”（主要成分是三聚氰胺）的查處工作。一年多來，先後開展了檢測標準製定、飼料原料和產品監測、安全評價試驗、違法違規案件查處等工作。三鹿奶粉事件發生後，按照國務院的總體部署，農業部開展了以飼料原料和飼料中三聚氰胺查處為重點的飼料質量安全整治行動。
當前飼料質量安全仍存在著一些風險隱患，飼料質量安全監管工作仍有薄弱環節。一是飼料原料質量安全隱患較為嚴重。我國飼料原料來源廣泛複雜，影響原料質量安全因素眾多，玉米中黴菌毒素、重金屬超標、蛋白質原料中摻雜使假等問題都給飼料質量安全從源頭上帶來的不少隱患。二是向飼料中添加違禁添加物的行為仍然存在。從近年來發生的瘦肉精、紅心蛋、寵物飼料等突發事件可以看出，個別飼料生產企業和養殖戶為牟取私利，向飼料中添加違禁藥物和有害化學物質的違法行為仍有存在。三是監管對象多、監管措施落實難。
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