用微波爐加熱冷凍食品也許非常快捷方便，但是食品沒有充分加熱，人食用後可能會致病。美國12個州的32人因食用冷凍食品導致沙門氏菌中毒後，美國政府於10月5日發布一條新通知，告誡消費者要徹底加熱冷凍雞肉。
堪薩斯州立大學國際食品安全網的科學主管道戈·鮑威爾說，微波爐存在的問題是，微波加熱並不均勻，殘留的一些沒熱透的區域可成為大腸埃希氏菌、沙門氏菌或李氏杆菌等危險細菌的滋生地。因此用微波加熱任何東西，包括不管是冷凍的還是解凍的生肉，都能引起一些不良後果。
微波產生短無線電波，能穿透食品大約1英寸。食品安全專家表示，因為微波加熱不均勻，因此它比火爐或烤箱加熱存在的安全隱患更多。隨著時間推移，微波會損失一些能量，一些更短的微波也許無法產生足夠的能量，將食品加熱到可以安全食用的程度。專家表示，雖然遵循說明書會有一些幫助，但是烹飪生食時最好用火爐、烤架或烤箱加熱。
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