黴菌的有性繁殖是不同性別的細胞經過結合（質配和核配 ）後，產生一定形態的孢子來實現的，這種孢子稱為有性孢子。繁殖過程可分為 3 個階段：第一個階段為質配；第二個階段為核配，產生二倍體 的核；第三個階段是減數分裂，恢複核 的單倍體狀態。大多數真菌菌體是單倍體的。
有性孢子通常有下列幾種：
（1）卵孢子
菌絲分成雄器和藏卵器。藏卵器中有一個或數個卵球。當雄器和藏卵器相配時，雄器中細胞質與細胞核，通過受精管而進入藏卵器， 與卵球結合形成卵孢子。
（2）接合孢子
接合孢子是由菌絲生出形態相同或略有不同的配子囊接合而成。兩個鄰近的菌絲相通，各 自向對方伸 出極短的側支，稱為原配子囊。原配子囊接觸後，頂端各自膨大並形成橫隔，形成配子囊。配子囊下麵的部分稱為配子囊柄。相接觸的兩個配子囊之間的橫隔消失，細胞質和細胞核相互融合，同時外部形成厚壁，即為接合孢子。產生接合孢子的方式有同宗配合和異宗配合兩種。異宗配合需要兩種不同性質的菌係的菌絲相遇後才能形成，而這兩種有親和力的菌係在形態上並無區別，所以通常用“+”和“—”符號來代表。
（3）子囊孢子
形成子囊孢子是子囊菌 的主要特征。子囊是一種囊狀結構，形狀因種而異。子囊中孢子數目為2的n次方，通常為1—8個。典型的子囊中有8個孢子。
黴菌形成子囊和子囊孢子要比酵母菌複雜得多。它們都是由形態上具分化的兩性細胞接觸後形成的。大多數黴菌的子囊是包在特殊的子囊果中。子囊果有3種類型：閉囊殼、子囊殼和子囊盤。
子囊孢子的形態、大小、顏色、形成方式等，均是子囊菌的特征，常作為分類鑒定的依據 。
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