微生物菌體形態觀察是微生物學基本操作。菌體形態的檢查過程一般經過塗片、染色和顯微鏡檢。總體而言，微生物染色方法一般分為單染色法和複染色法兩種。前者用一種染料使微生物染色，但不能鑒別微生物，如乳酸酚棉蘭染色液，用於真菌的染色。複染色法是用兩種或以上染料，能協助鑒別微生物。常用法有革蘭氏染色法，還有鑒別細胞各部分結構如芽孢、鞭毛、莢膜等特殊染色法。
微生物染色方法各式各樣，本文著重介紹
1) 革蘭氏染色法
2) 乳酸酚棉藍染色法
3) 芽孢染色法
4) 鞭毛染色法
5) 莢膜染色法。
一、革蘭氏染色法
1 操作步驟
革蘭氏染色法，是指細菌學中廣泛使用的一種重要的鑒別染色法。不僅能觀察到細菌的形態而且還可將所有細菌區分為兩大類：染色反應呈藍紫色的稱為革蘭氏陽性細菌，用G＋表示，染色反應呈紅色（複染顏色）的稱為革蘭氏陰性細菌，用G-表示。細菌對於革蘭氏染色的不同反應，是由於它們細胞壁的成分和結構不同而造成的。革蘭氏陽性細菌的細胞壁主要是由膚聚糖形成的網狀結構組成的，在染色過程中，當用乙醇處理時，由於脫水而引起網狀結構中的孔徑變小，通透性降低，使結晶紫一碘複合物被保留在細胞內而不易脫色，因此，呈現藍紫色；革蘭氏陰性細菌的細胞壁中膚聚糖含量低，而脂類物質含量高，當用乙醇處理時，脂類物質溶解，細胞壁的通透性增加，使結晶紫一碘複合物易被乙醇抽出而脫色，然後又被染上了複染液（番紅）的顏色，因此呈現紅色。
一般挑選16-24h內的新鮮培養物進行。鏡檢應采用油鏡進行，放大倍數為1000倍。
塗片：將培養的不同菌分別作塗片（注意塗片切不可過於濃厚），幹燥、固定。固定時通過火焰1-2 次即可，不可過熱，以載玻片不燙手為宜。
初染：加結晶紫液蓋滿標本處，染一分鍾後水洗，並將玻片上積水輕輕甩淨。
媒染：加碘液蓋滿標本處，1分鍾後水洗，甩淨玻片上積水。
脫色：加95%酒精蓋滿標本，輕輕搖動玻片，約20秒鍾後水洗、甩幹。
複染：加稀釋石炭酸複紅液或沙黃溶液1-2滴蓋滿標本，染30秒鍾後水洗，待標本自幹或用吸水紙印幹。
觀察：鏡檢幹燥後置油鏡觀察，革蘭氏陰性菌呈紅色，革蘭氏陽性菌呈紫色。以分散開的細菌的革蘭氏染色反應為準，過於密集的細菌，常常呈假陽性。
細菌有三種基本形態，即球形、杆形和螺旋形，分別稱為球菌、杆菌和螺形菌。具體如圖1所示：
圖1. 細菌菌體特征
1.微球菌 2.葡萄球菌 3.雙球菌 4.鏈球菌 5.四聯球菌 6.八疊球菌 7.杆菌 8.球菌 9.鏈杆菌 10.梭狀杆菌
11.棒狀杆菌 12.芽孢杆菌 13.破傷風棱菌 14.弧菌 15.螺菌 16.莢膜 17.菌鞭毛
二、乳酸酚棉藍染色法
1 操作步驟
染色：於潔淨載玻片上，滴1-2滴乳酸酚棉藍染色液，用解剖針從黴菌菌落的邊緣外取少量帶有 孢子的菌絲置於染色液中，再細心地將菌絲挑散開，然後小心地蓋上蓋玻片，注意不要產生氣泡。置顯微鏡下先用低倍鏡觀察，必要時再換高倍鏡。
觀察：染好後的標本片用顯微鏡觀察結果，酵母菌細胞、菌絲體和產孢結構等皆可被染成亮藍色；背景為暗淡的藍色。
圖2. 乳酸酚棉藍染色實物圖
圖3 曲黴菌體形態圖
1.分生孢子 2.次生小梗 3.初生小梗 4.頂囊 5.分生孢子梗 6.足細胞
三、芽孢染色法
1 操作步驟
一般革蘭氏染色隻能把芽孢周圍的細胞質染色，不能直接把芽孢染上，故芽孢會透亮，能夠觀察到芽孢。若不清晰可進一步采用芽孢染色法。
染色：用接種環取菌樣塗布於玻片上，待自然幹燥。而後通過火焰加熱將菌固定於玻片上。將塗片放入平皿內，片上放兩層濾紙，滴加足量的5.0%孔雀綠水溶液。將平皿蓋好，54℃-56℃水浴加熱30min。取出，去濾紙，用純化水衝洗殘留孔雀綠溶液。加0.5% 沙黃水溶液，染1min。水洗，待幹後油鏡觀察。
觀察：染好後的標本片用顯微鏡觀察結果，芽孢呈綠色，菌體呈紅色。
圖4.芽孢染色實物圖
許多細菌（如芽孢杆菌等）發育到某一階段，在細胞內形成一個圓形或橢圓形，抗逆性強的休眠體構造，稱為芽孢。芽孢著生的位置、形狀、大小因菌種不同而異。一般分為中央芽孢、末端芽孢、偏端芽孢、遊離芽孢等。
圖5 細菌芽孢的各種類型
四、莢膜染色法
莢膜(capsule)是某些細菌表麵的特殊結構，是位於細胞壁表麵的一層鬆散的粘液物質，莢膜的成分因不同菌種而異，主要是由葡萄糖與葡萄糖醛酸組成的聚合物。
塗片：按常規法塗片，可多挑些菌體與水充分混合，並將粘稠菌液盡量塗開，塗布麵積不宜過大。
幹燥：在空氣中自然幹燥。
染色：用溶液A染5-7分鍾。
脫色：用溶液B洗去結晶紫，脫色要適度（衝洗2遍）。用吸水紙吸幹，並立即加1-2滴香柏油於塗片處，以防止CuSO4結晶的形成。鏡檢。
觀察：背景藍紫色，菌體紫色，莢膜無色或淺紫色。
圖6 莢膜細菌結構圖
五、鞭毛染色法
長在某些細菌菌體上細長而彎曲的具有運動功能的蛋白質附屬絲狀物，稱為鞭毛。許多細菌都是運動的，通常使用鞭毛移向營養物質。鞭毛很薄，不易染色和觀察。
塗片：取幼齡細菌培養物製成塗片。
幹燥：火焰幹燥及固定。
染色：鞭毛染色液2-3滴，在室溫中染色2-3分鍾。
脫色：水洗，幹燥後鏡檢（油鏡）。
觀察：菌體和鞭毛呈紫色。
圖5 蠟樣芽孢杆菌鞭毛染色圖
圖6 細菌鞭毛著生方式
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