食品中的微生物有許多種類，有的對人類無害，有的會導致疾病產生，下邊是質佳檢測總結的食品中常見的微生物汙染及檢測標準。
1、大腸菌群
大腸菌群，它不代表某一個或某一屬細菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便汙染有關的細菌。
2、黴菌
黴菌，是絲狀真菌的俗稱，意即"發黴的真菌"，它們往往能形成分枝繁茂的菌絲體，但又不像蘑菇那樣產生大型的子實體。在潮濕溫暖的地方，很多物品上長出一些肉眼可見的絨毛狀、絮狀或蛛網狀的菌落，那就是黴菌。
3、酵母
酵母是一些單細胞真菌，並非係統演化分類的單元。是子囊菌、擔子菌等幾科單細胞真菌的通稱，一般泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌，有的為致病菌。
4、金黃色葡萄球菌
金黃色葡萄球菌是人類的一種重要病原菌，隸屬於葡萄球菌屬，有“嗜肉菌"的別稱，是革蘭氏陽性菌的代表，可引起許多嚴重感染。
5、沙門氏菌
沙門氏菌是一種常見的食源性致病菌。沙門氏菌屬有的專對人類致病，有的隻對動物致病，也有對人和動物都致病。沙門氏菌病是指由各種類型沙門氏菌所引起的對人類、家畜以及野生禽獸不同形式的總稱。
6、誌賀氏菌
誌賀氏菌即通稱的痢疾杆菌。痢疾賀誌賀氏菌是導致典型細菌痢疾的病原菌，在敏感人群中很少數量的個體就可以致病。
7、溶血性鏈球菌
溶血性鏈球菌，對熱和化學清毒劑均敏感，常引起扁桃體、咽部、中耳等感染。亦為腎盂腎炎、產褥熱、猩紅熱的病原體。
8、單增李斯特菌
單增李斯特菌，又名單核細胞增生李斯特菌。是某些食物(主要是鮮奶產品)中的一種汙染物，能引起嚴重食物中毒。
9、大腸埃希菌
大腸埃希菌是人和動物腸道中的正常棲居菌。大腸埃希菌的致病物質之一是血漿凝固酶。根據致病性的不同，致瀉性大腸埃希菌被分為產腸毒素性大腸埃希菌、腸道侵襲性大腸埃希菌、腸道致病性大腸埃希菌、腸集聚性黏附性大腸埃希菌和腸出血性大腸埃希菌5種。
10、副溶血性弧菌
副溶血性弧菌，為革蘭氏陰性杆菌，呈弧狀、杆狀、絲狀等多種形狀，無芽孢。
11、肉毒杆菌
肉毒杆菌是一種生長在缺氧環境下的細菌，在罐頭食品及密封醃漬食物中具有極強的生存能力，是毒性最強的細菌之一。肉毒杆菌是一種致命病菌，在繁殖過程中分泌肉毒毒素，該種毒素是目前已知的最劇毒物，可抑製膽堿能使神經末梢釋放乙酰膽堿，導致肌肉鬆弛型麻痹。
12、霍亂弧菌
霍亂弧菌是人類霍亂的病原體，霍亂是一種古老且流行廣泛的烈性傳染病之一。曾在世界上引起多次大流行，主要表現為劇烈的嘔吐，腹瀉，失水，死亡率甚高。屬於國際檢疫傳染病。
13、變形杆菌
變形杆菌是人和動物的寄生菌和病原菌。廣泛分布在自然界中，如土壤、水、垃圾、腐敗有機物及人或動物的腸道內。
14、空腸彎曲菌
空腸彎曲菌菌體輕度彎曲似逗點狀，在暗視野鏡下觀察似飛蠅。有莢膜，不形成芽胞。最適溫度為37～42℃。在正常大氣或無氧環境中均不能生長。
15、蠟樣芽孢杆菌
芽胞杆菌屬中的一種。菌體細胞杆狀，末端方，成短或長鏈，革蘭氏陽性。
16、平酸菌
平酸菌是引起罐頭食品酸敗變質而又不胖聽(即產酸不產氣)的微生物，在罐頭工業上稱為平酸菌。它是兼性厭氧芽胞杆菌。
17、耶爾森氏菌
耶爾森菌屬於腸杆菌科，包括鼠疫耶氏菌、小腸結腸炎耶氏菌與假結核耶氏菌等十餘個菌種，這是一類革蘭陰性小杆菌。
18、克羅諾杆菌
克羅諾杆菌是嬰兒乳粉中可能存在的一種致病菌。克羅諾杆菌能引起嚴重的新生兒腦膜炎、小腸結腸炎和菌血症，死亡率高達50% 以上。目前，微生物學家尚不清楚克羅諾杆菌的汙染來源，但許多病例報告表明嬰兒配方粉是目前發現的主要感染渠道。
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