常見的染色方法包括簡單染色、負染色、革蘭氏染色、芽孢染色法、鞭毛染色、莢膜染色、死活染色。製備細菌染色片一般要經過塗片、固定、染色、水洗、幹燥等步驟，然後用顯微鏡甚至油鏡觀察。
簡單染色：
不同細菌或者由於觀察者所側重觀察的內容不同，所以使用的染料也有差異，但是簡單染色的方法是一樣的。先按照上述的製片方法製片，製成需要觀察的玻片後，使用相對應的染料滴加到玻片上的菌膜區域，以覆蓋菌膜為準。按照不同染料的要求，結合所觀察的內容確定染色時間，染色時間到達時，進行水洗，幹燥等步驟。最後得到的玻片加蓋蓋玻片即可進行鏡檢。如有需要可以後續再進行油封、蠟封等封片過程。簡單染色過程如下圖：
負染色：
製備觀察圖片是非常容易的，但是對初學者來說想要在玻片中找到目標菌還是有一定難度的，因為細菌常常無色透明且比較小，所以對初學者來說除非對光圈等進行很精細的調節，否則很難觀察到目標菌，因此進行負染色就十分重要。該方法是將微生物與苯胺黑或者india墨水混合，再將混合物覆蓋於載玻片表麵，由於這兩種天然黑色染料不能滲入微生物細胞，所以使得透明的微生物個體在黑色的背景下很容易觀察。負染色法常見有兩種操作方法。
第一種發個方法比較常見，在一個載玻片上將微生物與異地苯胺黑混合，用另外的載玻片將混合物均勻的覆蓋於原來的載玻片上。該方法的目的是使混合物在在玻片上一邊厚一邊薄，在厚與薄中間的額區域就是最佳觀察區域。如圖所示：
第二種方法是用一接種環苯胺黑與微生物混合，用接種針在載玻片的中央將混合物延伸很小的區域。具體操作如圖所示：
革蘭氏染色：
革蘭氏染色是細菌學中廣泛使用的一種鑒別染色法。細菌先經堿性染料結晶紫染色，而後經碘液進行媒染，之後用酒精脫色，在一定條件下有的細菌媒染後的顏色不會脫去，有的可以被脫去，前者叫做革蘭氏陽性菌，後者為革蘭氏陰性菌。為方便進一步觀察，脫色後再用堿性蕃紅進行複染，陽性菌仍為紫色，陰性菌染成紅色，這就是革蘭氏染色的原理。其步驟包括初染、媒染、脫色、複染四個步驟，主要步驟如圖所示：
芽孢染色法：
部分細菌能產生內孢子，這些孢子能抵製細菌染色液的進入，在革蘭氏染色法塗片染色時，革蘭氏陽性菌的芽孢呈現無色。雖然芽孢在革蘭氏染色片中可以看到，但在不易清晰觀察時，可用特殊的芽孢染色法，使芽孢與菌體呈現不同顏色，便於觀察。主要的芽孢染色法有孔雀綠染色法和石碳酸複紅染色法。
孔雀綠染色法的具體步驟：首先將生有芽孢的斜麵菌苔按革蘭氏染色法塗片後，用飽和孔雀綠水溶液染色10min，然後用自來水衝洗，衝洗完後用0.5%蕃紅液複染30s，用水洗，吸幹，即可鏡檢，鏡檢時芽孢呈綠色，菌體和芽孢囊呈微紅色。
石碳酸蕃紅染色法具體步驟：首先按常規塗片，然後滴加石碳酸複紅於塗片上，並於玻片下緩緩加熱，使染液冒蒸汽但不沸騰，並繼續滴加染液，不使塗片上染液蒸幹，這樣保持5min。帶塗片冷卻後，傾去染液，用酸性乙醇脫色指無紅色染劑洗脫為止，接著徹底水洗，洗後用呂氏美藍複染2-3min，水洗吸幹後即可進行鏡檢，鏡檢時菌體計孢囊呈藍色，芽孢呈紅色。
鞭毛染色法：
鞭毛是細菌的運動器官，非常纖細，超出了光學顯微鏡觀察極限，因此通常情況下在顯微鏡下觀察不到。通過特殊的染色技術，可以將染色液附加到鞭毛的周圍，增加它的直徑，從而能在光學顯微鏡下觀察到鞭毛。鞭毛染色一般分銀鹽法和複紅沉澱法兩種。這裏介紹一下銀鹽沉澱法。用作鞭毛染色的載玻片必須是絕對幹淨無油脂的，將載玻片在火焰上快速灼燒5s，放在染色架上冷卻，用蠟筆分成兩個區域，然後用移液管或者巴斯德移液管吸取2mL無菌水加入到幼齡生長活躍的斜麵菌株中，慢慢震蕩並旋轉試管使菌株懸浮，盡量避免使用接種環，將懸液轉移到幹淨的試管中，通過懸滴試驗檢查菌體的運動型，用無菌水將懸浮液稀釋至略有渾濁為止，放入20-30℃培養箱中培養30min，然後移取一滿環懸浮液加在已冷卻的載玻片一端，傾斜載玻片讓液滴流到蠟筆畫的中心線，在空氣中自然幹燥。然後用媒染色劑媒染5min之後，慢慢用蒸餾水充分漂洗掉所有的媒染液，用熱的Fontana銀鹽覆蓋，染色5min，每隔1min更換一次染色液（Fontana銀液在沸水浴中加熱），細菌塗層的每一部分都要浸在染色液中，不能裸露。最有用水衝洗，自然晾幹即可進行鏡檢。應當注意一點，染色法的燃料須當日配製，4h內使用，最好是現配現用。
莢膜染色：
一般細菌的莢膜與染色劑的親和性低，但莢膜通透性高，因此染料可以透過莢膜使菌體著色。一般采用負染色方法使背景和菌體之間形成一透明區，將菌體襯托出來便於觀察分辨。莢膜染色的步驟：加一滴6%葡萄糖水溶液在載玻片的一端，無菌操作，挑取細菌斜麵上培養72h左右的膠質芽孢杆菌與其混合，加1滴墨汁充分混勻，用推片法製片將菌液鋪成薄層，自然幹燥，滴加1-2滴無水乙醇覆蓋塗片，固定1min，自然幹燥，在已晾幹的塗麵上，滴加1%結晶紫染色液染色，2min後用20%的硫酸銅衝洗數次，再用自來水衝洗一次，使用擦鏡紙擦幹後即可鏡檢。有莢膜的菌菌體呈紫色，背景灰黑色，莢膜不著色呈無色透明圈。具體操作過程見下圖：
死活染色：
死活染色排除法是生物研究中判斷細胞活性的一種常用方法，是利用死活細胞在生理機能和性質上的差異來進行的，常用的染色劑有台盼藍和美藍，前者使用範圍較廣，後者一般在酵母菌細胞死活鑒定上使用較多。
以上介紹的染色法，基本上涵蓋傳統微生物實驗室能用到的所有的染色法。染色法在細菌的觀察、分類、鑒定中經常用到，因此是微生物檢測人員不可或缺的基本技能之一。
