益生菌是一種對動物有益的細菌，多定植於腸道中。可作為食品添加劑服用，以維持腸道菌群的平衡。目前世界上研究的功能最強大的產品主要是各類微生物組成的複合活性益生菌，包括酸牛奶、酸乳酪、酸豆奶以及含多種益生菌的口服液、片劑、膠囊、粉末劑等。然而益生菌的種類繁多，它們的特性和用途也各有不同，好的菌株需要具有不利環境抵禦性和保健作用，因此在應用中選擇合適的菌株十分重要，最主要的是要考慮以下方麵：
1、安全性
由於益生菌是定植在人體內才能發揮作用的，因此安全性是應用中選擇一株益生菌所必須重視的問題，隻有安全無毒，無疾病引發性的益生菌才能加以考慮。
2、營養功能
不同的益生菌具有不同的營養功能，因此在保健品應用中也應該對應其保健功能進行選擇。
3、粘附性
益生菌發揮作用的前提是在體內定植，定植的前提即為粘附，然而並不是所有的益生菌都具有較強的粘附性，因此要根據該菌在對應係統中的粘附試驗結果進行篩選。
4、耐受性
益生菌的生長對於環境有一定要求，比如氧氣含量（多為厭氧）、溫度、pH值、營養條件等等，此外大多數益生菌是定植在腸道中發揮作用的，因此應通過腸環境及胃環境的耐受試驗，選擇耐受能力強的菌株進行馴化、純化、傳代，以得到理想菌株。
5、穩定性
菌株的穩定性是保證產品質量的重要保證。穩定性包括菌株性狀及產物成分等的穩定程度。
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