由於細菌鞭毛極易從菌體脫落，因此常有客戶因為染色時的操作不小心導致染色失敗，無法觀察到細菌鞭毛，在此列舉幾條鞭毛染色時的注意事項。
一、細菌培養物
1.細菌最好在染色前多傳代幾次，以增強菌的活力，經有關文獻表明，傳代三次 的菌染色效果最好。
2.染色使用的細菌在培養基上的培養時間最好在6-8個小時，選取幼靈菌的原因是老齡菌的鞭毛極易脫落。
3.挑取菌落時最好選取邊緣菌落，因為此處的菌落活動能力強容易找到鞭毛。
4.挑取菌的菌量不宜過大，寧少勿多，否則菌落重疊不易觀察。
二、細菌製片
1.塗片時玻片必須幹淨，染色前用洗衣粉洗淨並在酒精中浸泡24h，用前擦拭幹淨後使用。
2.將菌落輕點在玻片上，傾斜玻片讓菌液自然留下，不要用接種環塗抹或用力過猛，以免破壞鞭毛。
3.挑取菌的時候盡量不要帶有培養基。
4.玻片上菌液需自然幹燥或在溫箱中烘幹。
5.水洗時需緩慢衝洗，直接用蒸餾水衝洗染液，不要先傾去染液後再水洗，以免汙染背景不易觀察，衝洗時要將染液的顏色衝洗幹淨否則也會影響觀察。
三、鏡檢觀察
鏡檢時先從邊緣開始逐漸向中間鏡檢，因為邊緣處菌量小，易觀察到單菌落，中心處菌易重疊，不易觀察。
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