目前國內各製藥企業環境監測中微生物的監測方法大多依據GB/T 16293-2010醫藥工業潔淨室（區）浮遊菌的測試方法和GB/T 16294-2010醫藥工業潔淨室(區)沉降菌的測試方法進行。以這兩個國標來實施監測製藥企業潔淨室的微生物，對大多數生產普通製劑或API的廠家來說是沒有問題的。
但是對於抗生素企業和部分製劑廠家來說，僅僅按照這兩個國標推薦的兩種培養基大豆酪蛋白瓊脂培養基（TSA）和沙氏瓊脂培養基（SDA）來監測潔淨室的微生物則是不全麵的。在抗生素生產企業，其潔淨室內不可避免地混雜著一定量的抗生素粉塵，如果沒有采取能夠消除抗生素粉塵對微生物生存和生長的影響的措施，就采用國標的方法測試該環境中的微生物，得到的監測結果，不可避免的將是一個“假陰性”的結果；同樣，部分藥物的API對個別微生物也有不同程度的抑製或殺滅作用，要是不消除這類影響微生物生存和生長的環境因素，同樣會得到“假陰性”的結果。
現在國內絕大多數製藥企業環境監測中微生物取樣的培養基是檢驗員人工製作，培養基滅菌，澆製平板，預培養後剔除汙染的平板後置冷藏箱內待用，保存期限一般不超過3周。采用這樣的方法進行環境監測微生物的取樣，因為無法從根本上保證取樣平板的無菌性，得到的監測結果不可避免的是一個“假陽性”的結果。
“假陰性”和“假陽性”兩個結果都沒有真實的還原潔淨室內微生物的實際狀況。取樣測試的結果與潔淨室內微生物實際狀況出現了偏差。這樣的結果如果發生的A級或B級區，由此產生的眾多調查、重複測試等工作量，將會導致大量的經濟損失。
“假陰性”和“假陽性”兩個結果的產生，就是因為在環境監測微生物取樣測試時忽視了這樣兩個問題，忽視了潔淨環境中存在的抑菌成分；忽視了取樣平板的無菌性。
一、潔淨環境中的抑菌成分的消除
製藥企業潔淨環境中的抑菌成分主要有這樣兩大類：1、API；2、消毒劑殘留。
1、API主要分為這樣兩部分：抗生素和部分API
消除抗生素粉塵的殘留，采用的方法就是降解取樣時落在培養基平板上的抗生素，在取樣平板的培養基內添加一定量的酶，對於β-內酰胺類抗生素，添加β-內酰胺酶（即青黴素酶）；對於頭孢類抗生素，則添加頭孢菌素酶。
而API的消除，則主要依據：“中國藥典”2010年版 附錄109頁 附錄XI J 表1：“常見幹擾物中和劑或滅活方法” 中所對應的中和或滅活方法，還有一個方法就是借鑒相關產品微生物檢驗方法驗證中所采取的中和或滅活方法來消除API的影響。
2、消毒劑殘留
製藥企業潔淨環境每天都在使用消毒劑，怎樣確定殘留的消毒劑沒有影響微生物的生長？選擇什麽樣的培養基可以最大限度的衡量潔淨室表麵的微生物水平？理論知識告訴我們，卵磷脂、吐溫-80組合後能夠消除季胺類化合物（苯紮溴銨、苯紮氯銨等）消毒劑的影響；卵磷脂、吐溫-80和L-組氨酸組合後能夠消除醛類（甲醛、戊二銓等）和酚類（苯酚、間苯二酚等）消毒劑的影響；硫代硫酸鈉能夠消除鹵素類消毒劑（碘伏、碘酒等）的影響等等。
現在，國外製藥企業環境微生物監測時，用於潔淨室表麵取樣的培養基大多為大豆酪蛋白+卵磷脂+吐溫-80瓊脂培養基（即TSAWLP）。選擇這樣的培養基就可以有效的降解可能殘留在潔淨室表麵的消毒劑（主要是季胺類化合物消毒劑）的殘留。
二、取樣平板的無菌性
《中國藥典》2010年版中對用於環境監測的培養基平板有明確的要求。用於環境監測的培養基須特別防護，最好要雙層包裝和終端滅菌，如果不能采用終端滅菌的培養基，那麽在使用前應進行100%的預培養以防止外來的汙染物帶到環境中以避免出現假陽性的結果。［1］由此可見，在法規層麵，對於製藥企業潔淨室環境中微生物測試的培養基提出了嚴格要求。要求在潔淨室取樣時采用無菌的預製培養基平板（即Ready to- use Culture Media Plate）取樣。
事實上，國外眾多的製藥企業用於潔淨環境測試的培養基平板，包括浮遊菌、沉降菌取樣的90mm普通平板和表麵取樣的55mm接觸平板都是無菌的預製平板培養基。《中國藥典》2010年版中對用於環境監測的培養基的要求就是出自USP 〈1117〉MICROBIOLOGICAL BESTLABORATORY PRACTICES 章節。［2］
對比中國藥典和USP兩部藥典在環境監測培養基的具體要求，USP還特別強調了預培養之後必須要進行的促生長試驗（即Growth Promotion Testing），這裏也凸顯了USP在強調避免微生物測試結果“假陽性”的同時，更加關注的是微生物測試結果的“假陰性”。現代微生物檢測領域，“假陰性”遠比“假陽性”要可怕，製藥企業潔淨環境中微生物的檢測，使用無菌預製平板培養基，不僅完全杜絕了測試結果的“假陽性”，同時也消除了“假陰性”的可能。也符合了中國GMP2010中大力提倡的風險管理的理念。
三、製藥企業潔淨環境微生物監測的解決方案
針對製藥企業潔淨環境微生物監測中忽視的問題，在設計一個潔淨室的微生物監測方案時，應該著力避免這兩個問題。在培養基中添加β-內酰胺酶或頭孢菌素酶是一定要做驗證的，就是要驗證所添加酶或中和劑的種類和劑量能夠完全降解掉環境中的抑菌因素，從而真實還原本企業生產環境中可能存在的微生物的真實水平。避免環境監測微生物“假陽性”或“假陰性”結果，另一行之有效方法就是采用無菌預製培養基平板（Ready to- use Culture Media Plate）取樣。
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