作為一種衛生指標菌，耐熱大腸菌群中很可能含有糞源微生物，因此耐熱大腸菌群的存在表明可能受到了糞便汙染，可能存在大腸杆菌。但是，耐熱大腸菌群的存在並不代表對人有什麽直接的危害。
作為糞便汙染指標菌，耐熱大腸菌群與大腸菌群、大腸杆菌相似，主要以其檢出情況來判斷食品是否受到了糞便汙染。糞便是腸道排泄物，有健康者，也有腸道病患者或帶菌者糞便，所以糞便中既有正常腸道菌，也可能有腸道致病菌（如沙門氏菌、誌賀式菌、霍亂弧菌、副溶血弧菌等）和食物中毒者。因此，食品既然受到糞便汙染就有可能對食用者造成潛在的危害。
通常情況下，耐熱大腸菌與大腸菌群相比，在人和動物糞便中所占的比例較大，而且由於在自然界容易死亡等原因，耐熱大腸菌群的存在可認為食品直接或間接的受到了比較近期的糞便汙染。因而，耐熱大腸菌群在食品中的檢出，與大腸菌群相比，說明食品受到了更為不清潔的加工，腸道致病菌和食物中毒菌的可能性更大。
耐熱大腸菌群比大腸菌群能更貼切地反應食品受人和動物糞便汙染的程度，且檢測方法比大腸杆菌簡單地多，而受到重視。
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