PFGE的作用
PFGE是目前分子生物學技術在準確性,特異性,分辨率,重複性最好的方法之一。
染色體DNA經過特異性限製性內切酶的酶切作用,可以產生多條10-800kb的酶切片段,通過片斷的多少和大小來比較細菌的同源性。
根據同源性來推斷傳染來源和途徑;為更好的作好傳染病的防治起到一定的作用。
PFGE方法步驟
一、膠塊的製備
1、刮取適量新培養的細菌均勻渾濁於含有1ml細胞懸濁液的eppendorf中,調整OD值至4.0。
2、取400 μl CSB於eppendorf管中置37度水浴中孵育5分鍾。
3、在水浴管中加於20 μl蛋白酶K(20mg/ml)使其終濃度為0,5mg/ml。
4、在eppendorf管中加入400 μl的1%Seakem Gold(1%SDS),用槍頭輕輕混勻。將混合物加入模具,避免產生氣泡,室溫下凝固10-15分鍾。
二、細胞的裂解
1、每管中加入5ml蛋白酶K/CLB混合液。
2、將以製好的膠塊加入管中,使其在液麵下,將管子放在54 ℃水浴搖床中孵育2小時,轉速約170轉/分鍾。
三、洗膠塊
1、從水浴搖床中取出管子,倒掉CLB,每管加入15ml預熱的純水,放回50 ℃水浴搖床中,搖15分鍾。
2、倒掉水,用純水再洗一次。
3、倒掉水,加入15ml預熱的TE,放回50 ℃水浴搖床中,搖15分鍾。
4、倒掉TE,用TE重複洗4次,每次15分鍾。
5、倒掉TE ,加入10mlTE,放在4 ℃冰箱保存備用。
四、酶切
1、小心取出TE中的膠塊放幹淨的培養皿上。用刀片切2mm寬的膠塊放入含200μl稀釋液的eppendorf管中。放37 ℃水浴中孵育10-15分鍾。
2、槍頭吸出稀釋液,避免損傷膠塊。加入200μl酶切液,並確保膠塊在液麵下。放37 ℃水浴中孵育至少2小時。
五、加樣
1、製膠。
2、 從37 ℃水浴中取出管子,平衡到室溫。吸出酶切液,加入200μl0.5 ☓TBE平衡。
3、用小鏟將膠塊加入加樣孔中。並用溶化的膠封閉加樣孔。
六、電泳
1、電泳槽中加入2.2L 0.5 ☓TBE,蓋好蓋子。
2、打開主機和泵的開關。
3、打開冷凝機,確保溫度在14℃。
4、把膠放入電泳槽,設置電泳參數。
5、關機。
七、分析結果
讀膠,獲取圖像。
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