一、采集條件
1、具有與采集病原微生物樣本所需要的生物安全防護水平相適應的設備，包括個人防護用品（隔離衣、帽、口罩、鞋套、手套、防護眼鏡等）、防護材料、器材和防護設施等。
2、具有掌握相關專業知識和操作技能的工作人員。
3、具有有效的防止病原微生物擴散和感染的措施。
4、具有保證病原微生物樣本質量的技術方法和手段 。
5、采集過程中應對標本的來源、采集過程和方法等作詳細記錄。
二、標本種類：血、尿、便、痰、咽拭子、腦脊液、器官組織、滲出液等。
三、樣本容器：無菌、耐用、防滲漏樣品容器可以是玻璃的，但最好使用塑料製品。無菌螺口塑料管(外螺旋蓋、帶密封墊圈)，可耐深低溫。
四、采集原則：早、快、近（病變部位）、多、淨。
五、病原微生物
霍亂： 在病人使用抗菌藥物前采糞便或肛拭子放入堿性蛋白腖水或卡—布運送培養基中送檢；外環境未消毒處理前采集可疑水源和食品，水體可直接采水法或紗布塊集菌法，食品一般取50-100克樣品放入無菌廣口瓶或塑料袋內。
鼠疫 ：發病早期采血、痰、淋巴結穿刺液，采靜脈血5ml，其中3 ml分離血清供血清學檢測用，其餘作鏡檢、培養和接種動物作分離病原體用。另根據各型特點，采集不同部位的材料。
傷寒副傷寒 ：發病早期未用抗菌藥前采血，靜脈采血3-5 ml，分離血清備用，攪碎血塊，放入20-30 ml葡萄糖膽汁肉湯中作分離培養，如取糞便作病原分離，應在用抗菌素前或停藥後2天采新鮮糞便3-5克。
細菌性痢疾 ：病原分離在使用抗菌藥前采肛拭或留便送檢。
流行性腦脊髓膜炎 ：采集病人咽拭子作直接鏡檢和病原分離，盡量將培養皿保溫帶到現場，進行床旁接種，並注意保溫運送；采發熱期靜脈血2-3ml，分離血清，既可作快速測定抗原亦可作為雙相血清測特異性抗體。
鉤端螺旋體： 采發病早期和恢複期血液分離血清作抗體檢測；采病人屍體或解剖動物的腎、肝、肺淋巴結。
布魯氏菌 ：布魯氏菌既可感染人和家畜，又可感染和寄生於幾十種野生動物，因此要根據具體情況進行采樣。
肘靜脈抽取病人及可疑者血2-5 ml，放入含5%檸檬酸鈉液的試管中作病原分離培養用；牲畜從頸靜脈采血，處理方法同上。
動物流產胎兒 各類牲畜的流產胎兒清水衝洗後，放入3%的來蘇兒液中浸泡30分鍾以上，在無菌條件下解剖，分別從淋巴結、肝、脾、胃內容物、肺和脊髓取樣，直接接種於培養基上。
炭疽：病人血、痰、糞便、腦脊液按常規方法采集，潰瘍滲出物用無菌棉棒塗擦患部後插入肉湯培養基中，注意棉棒要沿管壁擠壓、涮洗，加塞送檢。
屍檢樣品一般剪取耳尖或指端一小塊，直接在平皿培養基上和玻片上壓印供分離培養和染色鏡檢，注意除非特別需要，一般不作大型動物的剖檢，以防止造成環境的持久汙染。已宰殺的牲畜，脾、肝、淋巴結是首選檢樣，
空氣樣品用空氣采樣器采集；土壤每份取5-10克，草和其它可剪取2-5克，堅固物體用濕棉棒拭表麵采樣。
甲型肝炎：采發病早期新鮮糞便5克於無菌的容器內送檢(病原分離)；采急性靜脈血3 ml分離血清供HAAg全抗體（IgG、IgM）檢測用，還應注意收集恢複期血清。
脊髓灰質炎：於急性期（越早越好），一般麻痹後2周內采新鮮糞便5克於無菌容器內，次日（間隔24h以上）再采1次。
流行性感冒 ：采發病3天內流感樣病例（T≥38℃、伴有咽痛或咳嗽症狀之一者,缺乏其它實驗室確定診斷依據 ）的咽拭子或鼻咽拭子放入5 ml采樣液中或用采樣含漱液采樣，冷藏運送至實驗室。沒有服用過抗病毒藥物 。
麻疹：作病毒分離的樣品，要在前驅期或出疹初期采咽拭子放入病毒保存液中迅速送回實驗室；作血清學診斷的樣品，則在出疹後1周-2周采血，必要時間隔1周再采1次 。
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