革蘭氏陰性細菌和革蘭氏陽性細菌的鞭毛構造是不相同的，前者如E.coli，其鞭毛
基體由四個盤狀物構成，它們分別稱為L環（連在細胞外壁層LPS部位），P環(連在內壁的肽聚糖部位），S環（與周質空間相連）和M環（嵌入在細胞膜上）。四個環的中
央有鞭毛杆串插著，在L環與P環間還有一個畫柱體構造，鞭毛杆的外側連著一個鉤
形鞘，其上長有一條長約10〜20μm的鞭毛絲。鞭毛絲一般由3股以螺旋方式、平行方式或中間方式緊密結合在一起的鞭毛蛋白鏈組成。每一股鏈由許多球狀的鞭毛蛋白亞基螺旋狀排列而成，革蘭氏陽性細菌例如枯草杆菌等的鞭毛結構較為簡單，其基體僅由S和M兩個環構成。如下圖所示：
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