低濃度細菌計數常采用多管技術，而普通的活菌計數則通常采用菌落計數法（見
5.1)。一般情況下，檢測食品中的細菌總數時，因為不了解食品中細菌的種類，所以很難選擇適當的培養基和培養條件。因不同細菌的營養和生理條件不同，也就不可能獲得真實的活細菌數值。
一個樣品中的細菌種類可能有專性需氧菌、專性厭氧菌、兼性需氧菌等，其中，有些細菌在37℃生長良好，但不能在20℃生長；有些細菌在20℃生長良好，但不能在37℃生長，而另一些菌在這兩種溫度條件下或許均能生長。即使用四套平皿同時培養——第一套在20℃培養需氧菌,第二套在37℃培養需氧菌，第三套在20℃培養厭氧菌，第四套在37℃培養厭氧菌，也不可能得到活菌總數，因為在培養時會有一些未知菌生長且被重複計數。所以,不應將需氧嗜溫菌計數作為細菌的總數——這並不符合事實。
在選擇培養基時，也會出現類似的問題。菌落計數法和多管計數法可用於檢測適當
培養條件下有活性的細菌數。也就是說,菌落的生長(瓊脂培養基內或表麵)或試管的渾濁僅能說明細菌在該培養條件下具有活性，而不代表其在加工過程或消費環境下具有活性。這個差別非常重要，例如當細菌在加工或貯存過程中被破壞或損傷時，將食品樣品用細菌總數(顯微鏡鏡檢）和活菌計數兩種方法同時檢測，若細菌總數高而活菌數低,並不一定就意味著顯微鏡觀察到的多數細菌已經死亡，也可能隻是因為這些細菌在計數培養基上不能增殖。
食品微生物工作者必須根據工作經驗選擇一種或多種培養條件，一般而言，應該選擇大多數樣品都能得到最高計數的培養條件。在大多數情況下可供選擇的培養條件如下：
0-10℃ 嗜冷菌汁數
20-30℃ 嗜中溫菌計數
35~37℃（或45℃） 恒溫動物的共生菌或寄生菌的計數
55-63℃或更高溫度 嗜熱菌計數
嗜冷菌的計數最好采用表麵計數技術，這樣可避免將細菌置於熱瓊脂當中。真正的
嗜冷菌除寄生在海產品當中外，不能在其他食品中存活，而且一旦暴露在周圍的環境中就會死亡。如果懷疑有嗜冷菌存在，樣品稀釋液和平皿必須先存放在10℃以下預冷。
培養基成分越複雜，能夠生長的細菌種類越多。因此，在葡萄糖胰蛋白腖酵母浸膏瓊脂上生長的細菌種類比營養瓊脂多的多。用營養球脂進行凍生肉的活菌計數，結果小於10000個/g。而用平板計數瓊脂計數，結果為每克幾百萬個。之所以如此,是因為在食品中占優勢的菌群是腸道球菌，它在有葡萄糖存在的條件下才能生長。對於某些樣品，在培養基中增加血清,蛋黃或牛奶等可提高計數結果。但通常不添加這些物質，因為這樣要增加費用，而且使培養基的製備過程更為複雜(血清、蛋黃必須在倒平板前迅速加入）。
如果要分離腐生菌，那麽培養基至少應部分模擬寄生菌的棲息環境。例如添加0.1%
脫脂乳的平板計數瓊脂常用於日常用品的檢測。此外，培養溫度應與食品的儲存溫度類似。為了找到合適的培養條件，可用顯微鏡直接對稀釋液進行檢測。如果在顯微鏡下觀察到某特定形態的細菌，而在分離培養基上未分離到該菌，則很可能是因為分離環境不適合該類細菌的生長。很多情況下，食品或其他環境下的典型細菌不能夠生長都是由於沒有在培養基中添加食品成分或適於細菌在該環境下生存的成分，Varnam和Grainger給出了一個比較顯微鏡檢測和平板分離細菌的好例子。他們在用顯微鏡檢測鹹肉醃製水中的優勢菌時，發現革蘭氏陰性杆菌占優勢。但是，在用培養基檢測時,必須在培養基中加人18%~20%的氯化鈉和15%〜20%過濾除菌的豬肉浸汁才能檢測到這些革蘭氏陰性杆菌。他們隨後得出結論，豬肉浸汁並不是培養基中必須的營養成分，其作用是除掉培養基中的過氧化物。
因此，建議可用二氧化錳代替豬肉浸汁。
對於用蒸餾水（而不是海水）配製的培養基，許多海洋細菌則不能生長。
在研究某棲息地中的微生物組成時，需經常對添加成分的有效性進行測試。但解釋
或比較某些細菌的形態學特征時必須小心，因為它們（如棒杆菌）在樣品和培養基中呈現出的形態學特征對能不同。
對含有黴菌和酵母菌的樣品進行細菌計數的培養基中，必須添加抗真菌的抗生素，如可添加10mg/kg的環己酰亞胺。
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