“指示菌”一詞可用於任一群在分類學.生理學或生態學上相似的微生物.它們的存在與否可指示樣品在過去或現在所具有的而不能直接證明的某些特征。指示菌通常是腸道菌，但某些情況下其他菌群也可作為指示菌，例如，如果食品已經過熱處理，但依然存在革蘭氏陰性菌，說明熱處理不夠徹底(相對於這些細菌的起始數)或熱處理後又被汙染、大腸菌群隻是革蘭氏陰性菌的一類，對熱處理沒有太靈敏的指示作用，但現在仍使用大腸菌群計數檢測食品的熱處理後的效果，“指標菌”一詞是1977年由Ingram出，作為指示生態恃征相似的一類致病菌的可能存在的標誌，同時保留了上段所定義的指示菌含義。
指示菌用於品質鑒定的曆史可追溯到飲料添加劑中的微生物檢測，當時用大腸杆菌等腸道共生菌的檢測來指示是否有腸道致病菌存在。即大腸杆菌被用作指示菌（或我們所定義的指標菌），指示菌需滿足以下條件：
（1）凡有致病菌存在的地方就要有它的存在;
（2）數值要比致病菌多得多；
（3）對環境或其他處罝過程的抵抗力比致病菌強。
多年來，指示菌的使用都能滿足這些條件;例如沙門氏菌被用作菌體受氯化作用影響的指示菌，但有證據表明滅活某些病原性病毒要比殺滅指示菌慢得多，隱形蟲屬的孢囊對氯消毒法也有非常強的抵抗力。
如果我們將大腸杆菌作為食品中腸進致病菌的指示菌,在對許多食源性疾病的檢測中，按照上述條件,它至少有一條不能滿足要求。雖然缺乏直接的證據，但用食品中不存在大腸杆菌來作為食品的安全標誌仍值得懷疑。
食品微生物中理想的栺示菡或指標菌的特征如下：
（1）指示菌應能夠以一種陽性方式間接指示出要評價的環境；
（2）它應與被評估的環境有數量相關關係，而且這種關係應便於其自身的評估；
（3）它應通過簡單的特征或反應對細菌的族或種作出明確的判斷；
（4）它在人工培養基中的生長不受任何其他救生物的影響；
（5）除非其分布的特性與所要評價樣品的分布特性一致，否則它在樣品中應隨機分布。
常用的指示菌和指標菌將在下文分別討論。
大多數指示菌和指標菌的計數常用選擇性培養基，但在複蘇階段使用非選擇性培養基能獲得較高的複蘇率。
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