真菌的基本結構為菌絲（hypha) 和孢子（spore) 。
一、菌絲Hypha
在適宜條件下，真菌由於包子生出芽管，逐漸延長呈絲狀，生物學上把真菌的每一根細絲叫菌絲(圖2 - 5) 。菌絲所形成的集團稱為菌絲體（mycelium ) 。
1.單純菌絲為分枝或不分枝，有隔或無隔，有色或無色的管狀組織。絕大多數真菌都有單純菌絲，但一些酵母菌和少數致病性真菌也可無菌絲，如新型隱球菌。
2 . 球拍狀茵絲係在菌絲的隔膜部位膨大如球拍狀，排列規則。如石膏樣小於包子菌。
3 . 破杭狀菌絲菌絲一側見不規則之凸起，像熱水燙過的梳子一樣梳齒參差不齊。如黃癖菌。
4 . 螺旋狀菌絲菌絲有規則的旋轉，呈螺旋狀，為螺旋狀菌絲。如石膏樣毛癖菌。
5 . 結節茵絲又稱結節器官，菌絲扭曲交織成團，似服裝上用布條打結係成的鈕扣一樣。多見於石膏樣小孢子菌。
6 . 鹿角狀菌絲菌絲頂端有不規則分枝，圓角，不分隔，胞質濃，如鹿角狀，故而取名。分枝較多時猶如燭台狀，見於黃癖菌。
7. 關節菌絲菌絲分隔形成許多大小相等的厚壁抱子，又稱節抱子，節抱子相連，組成關節菌絲。此種菌絲多見於粗球抱子菌。
8 . 假菌絲這種菌絲不是真正的菌絲，是袍子出芽，產生芽生抱子，芽生於包子互相連接延伸形成類似菌絲狀物，便為假菌絲。真假菌絲之區別: 真菌絲壁兩邊平行，不交叉，而假菌絲則反之;真菌絲可有分隔，而假菌絲則無分隔。
二、孢子Spore
孢子是真菌的生殖結構，是真菌繁殖的微小單位。抱子的大小(小者1~2μm ，大者可達200μm 或更大形狀、功能和形成方式各不相同。孢子可分為有性抱子和無性抱子。
1.無性孢子(ascxual spore)無性生殖的孢子，根據其發生方式又可分為葉狀孢子、分生孢子及孢子囊孢子。
(1)葉狀於孢子: 由菌絲(或母細胞)直接形成的生殖於孢子，故也稱為菌絲性孢子，根據其形狀又分為3 種(圖2 - 6) 。
①芽生孢子: 通過發芽方式所形成的球形或卵圓形細胞為芽生孢子，常見於念珠菌和隱球菌。②厚壁孢子: 是真菌的一種休眠細胞，如黃癢菌、白念珠菌等在一定情況下(如營養不充分，衰老等) ，菌絲胞質中的原生質濃縮，周圍形成較厚的壁，很像細菌的芽胞，多為圓形，位於菌絲的頂端或中央，直徑大於原細胞的寬度。③關孢孢子: 也稱節孢子，由菌絲斷裂而形成的方形、長方形、圓形或卵圓形的結構，如地絲菌及球孢子菌。
(2) 分生孢子: 由菌絲分化出來的特殊結構叫分生孢子梗，在分生孢子梗上著生的孢子稱為分生孢子。根據其大小及形態可分為大分生孢子( 圖2 一7) 及小分生孢子(圖2 - 8) ，其形態有圓形、梨形、棍棒形或紡錘形等，無色或著色。
(3) 孢子囊於孢子: 生長於一種囊狀結構孢子囊內的孢子，稱為孢子囊孢子(圖2 - 9) 。孢子囊的形狀分為筒狀、球狀或梨狀，其中含有大量孢子囊孢子，常見於毛黴、犁頭黴和根黴等。
2 . 有性手孢子(sexua l spore) 真菌有性生殖所產生的細胞基本上有4 種類型(圖2 -10) 。
(1)卵孢子: 卵孢子係由配子囊配合後發育成的。配子囊分大小2 種。大者為藏卵器，小者為雄器， 二者接合時雄器的內容物(細胞質與細胞核)經受精管進入藏卵器，與卵球配合後卵球即生出外壁而形成新的孢子，即卵孢子。卵孢子見於藻狀菌中的部分真菌。
(2) 接合孢子: 由兩個鄰近的菌絲相連，相互向對方生長出很短的側枝，稱之為原配子囊。原配子囊相互接近，相互接觸，各自在其頂端形成孢壁，隔成一個細胞， 此細胞稱為配子囊。配子囊各自形成雄性和雌性配子。相接觸的兩個配子囊孢壁逐漸消失，細胞質與細胞核互相配合，各自細胞膜破壞，配子融合，周圍產生一個新的壁，便形成了接合孢子。
(3) 子囊孢子:此種子孢子存在於子囊中，子囊呈棒狀、球狀或管狀。典型的子囊內有8 個(一般均為2" 個)子囊孢子。子囊孢子的有性繁殖一是由2 個營養細胞(雄雌配子)接合而成(如啤酒酵母) ; 二是從菌絲上生出2 條小枝，分別為雌性產囊器和雄器，雌雄二器相遇，雄器中的內容物向雌器內轉移，然後在產囊器中產生數條菌絲，稱為造囊絲，最後分別形成子囊。多個子囊被包裹在一個由菌絲組成的包被內，形成一定形狀和結構的子實體，稱子囊果。
(4) 擔孢子:擔子包子為擔子菌的特殊結構。擔子包子菌有雙核菌絲。擔子起源於雙核菌絲的頂細胞。頂細胞內兩性細胞核配合後，可產生4 個子核，頂細胞也變大變寬形成擔子。由擔子上長出4 個小梗，頂端膨大， 4 個子核分別進入4 個小梗內，並分別發育成一個擔孢子。
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