應使用微生物菌種保藏專門機構和同行認可機構保存的、可溯源的標準或參考菌株。
應對從食品、環境或人體分離、純化、鑒定，未在微生物菌種保藏專門機構登記注冊的原始分離株（野生菌株）進行係統、完整的菌株信息記錄，包括分離時間、來源、表型及分子鑒定的主要特征等。
實驗室應保存能滿足實驗需要的標準或參考菌株，在購入和傳代保藏過程中，應進行驗證試驗，並進行文件化管理。
樣品處理
實驗室接到送檢樣品後，應認真核對登記，確保樣品的相關信息完整並符合檢驗要求。
實驗室應按要求盡快檢驗。若不能及時檢驗，應采取必要的措施保持樣品的原有狀態，防止樣品中目標微生物因客觀條件的幹擾而發生變化。
冷凍食品應在45℃以下不超過15min，或2-5℃不超過18h解凍後進行檢驗。
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