即食類預包裝食品：
取相同批次的最小零售原包裝，檢驗前要保持包裝的完整，避免汙染。
非即食類預包裝食品：
包裝小於500g的固態食品或小於500mL的液態食品，取相同批次最小售包裝；
大於500mL的液態食品，應在采樣前搖動或用無菌棒攪拌液體，使其達到均質後分別從相同批次的n個容器中采集5倍或以上檢驗單位的樣品；
大於500g的固態食品，應用無菌采樣器從同一包裝的幾個不同部位分別采取適量樣品，放入同一個無菌采樣容器內, 采樣總量應滿足微生物指標檢驗的要求。
散裝食品或現場製作食品：
根據不同食品的種類和狀態及相應檢驗方法中規定的檢驗單位，用無菌樣器現場采集5倍或以上檢驗單位的樣品，放入無菌采樣容器內, 采樣總量應滿足微生物指標檢驗的要求。
食源性疾病及食品安全事件的食品樣品：
采樣量應滿足食源性疾病診斷和食品安全事件病因判定的檢驗要求。
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