1.經典的生化鑒定方法係通過47項生化學試驗鑒定到屬和種，再用因子血清分型，手續繁瑣。
2.實驗室的常規方法一般隻通過三糖鐵瓊脂或其他類似方法篩選菌株後，用多價和單價因子血清作玻片凝集試驗分型。這種方法實際上並未將培養物鑒定到屬和種，篩選出來的培養物包含了幾個屬、種的可能性。
3.使用微量生化板和微量生化管，在操作上比經典生化試驗簡單得多。但由於微量生化板和微量生化管的生產技術問題，有些極重要的生化項目未被采用，如KCN試驗是無法製成反應紙片和微量管；有些生化反應紙片和微量管製成後容易失效，常不能使全部陽性反應都如實顯示出來。一般來說，采用微量生化試驗鑒定菌種，比單用三糖鐵瓊脂要好得多，一般可以鑒定到屬和種，結果比較準確，但誤診的情況仍有發生。
4.微生物自動分析儀則有比較多的問題，也是因為它不能將某些重要的試驗列入其中，如氰化鉀、克氏pH7.2尿素酶試驗等。
5.熒光抗體技術可檢測出標本中病原細菌的存在。其原理是用已知的抗體血清，與標本中的細菌抗原相結合，采用熒光技術使結果顯示出來。由於熒光抗體技術是抗原抗體反應，所以不能代替病原細菌的分離培養。
隨著DNA分子雜交技術在細菌分類學領域中的應用，派生出用於細菌屬、種鑒定的DNA探針技術和聚合酶鏈反應（PCR）技術。
6.DNA探針是篩選出來的DNA片段，可以特異性地與標本中特定病原菌DNA相結合，從而測知標本中特定病原菌的存在。但DNA探針技術還不夠成熟，尚在研究中。
7.PCR技術是人工擴增已知DNA片段的技術，可使目的基因迅速擴增百萬倍，靈敏度極高。
盡管如此，DNA探針技術和PCR技術由於對特定的技術要求很高，在一般實驗室常易使探針和引物汙染而導致假陽性反應，故尚不適宜用作常規試驗方法。
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