黴菌分類的困難關鍵在於培養特征的觀察和描述。使用檢索表時一定要對每一分類特征判斷清楚，以免因一次錯誤而誤入歧途。經常進行黴菌分類鑒定的單位或部門需要專人負責這項工作，臨時人員是無法勝任的
常見黴菌分類鑒定程序
鑒定時先肉眼觀察平板上生長的單個菌落，注意其顏色、質地等。
然後用顯微鏡由低倍鏡、高倍鏡至油鏡觀察，注意菌絲形態、孢子梗和有性器官形態等。
菌落顏色，包括分生孢子、孢子梗、菌絲顏色；分生孢子梗形態與菌絲區別、著生位置、單生或叢生或束狀；分生孢子類型、表麵結構、形態、著生位置和產生方式；分生孢子器的有無及形態，……。這是鑒定時一定要仔細觀察的指標。
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