清潔的玻璃器皿是得到正確的實驗結果的重要條件之一。清洗的目的就在於除去玻璃器皿上的汙垢（灰塵、油汙、無機鹽等物質），使其不能妨礙得到正確的實驗結果。通常清洗方法有兩種，一是機械清洗方法，即用鏟、刮、刷等方法清洗；二是化學清洗方法，即用各種化學去汙溶劑清洗。具體的清洗方法要依汙垢附著表麵的狀況及汙垢的性質決定。
各種玻璃器皿的洗滌方法
（1）新玻璃器皿的洗滌法 新購置的玻璃器皿（包括載玻片、蓋玻片、試管、吸管、平皿、三角瓶等）含有遊離堿，應用2％的鹽酸溶液浸泡數小時，以中和其堿質，再用水充分衝洗幹淨。
（2）載玻片及蓋玻片的洗滌法 用過的載玻片放入1％洗衣粉溶液中煮沸20～30min（注意溶液一定要浸沒玻片，否則會使玻片鈣化變質），待冷卻後，逐個用自來水洗淨，浸泡於95％的乙醇中備用。蓋玻片散入1％的洗衣粉溶液中，煮沸1min，待稍冷後再煮沸1min，如此重複2～3次（如煮沸時間過長會使玻片鈣化變白且變脆易碎）。待冷卻後用自來水衝洗。洗淨後於95％的乙醇中浸泡。帶有活菌的載玻片或蓋玻片可先浸在5％石炭酸，或2～3％來蘇水，或0.1％升汞溶液中消毒24～48小時後，再按上述方法洗滌。使用前，可用幹淨紗布擦去酒精，並經火焰微熱，使殘餘酒精揮發，再用水滴檢查，如水滴在玻片上均勻散開，方可使用。
（3）血球計數板的清洗 血球計數板（或Petrof Hausser細菌計數板）使用後應立即在水龍頭下用水衝淨，必要時可用95％酒精浸泡，或用酒精棉輕輕擦拭，切勿用硬物洗刷或抹擦，以免損壞網格刻度。洗滌完畢鏡檢計數區是否殘留菌體或其他沉澱物，若不幹淨，則必須重複洗滌至潔淨為止。洗淨後自行晾幹或用吹風機吹幹，放入盒內保存。
（4）一般玻璃器皿的洗滌法 三角瓶、培養皿、試管等可用毛刷蘸洗滌劑或去汙粉或肥皂洗去灰塵、油汙、無機鹽等物質，然後用自來水衝洗幹淨。如果器皿要盛高純度的化學藥品或者做較精確的實驗，可先在洗液中浸泡過夜，再用自來水衝洗，最後用蒸餾水洗2～3次。洗刷幹淨的玻璃器皿烘幹備用。
染菌的玻璃器皿，應先經121℃高壓蒸汽滅菌20～30min後取出，趁熱倒出容器內的培養物，再用熱的洗滌劑溶液洗刷幹淨，最後用水衝洗。染菌的移液管和毛細吸管，使用後應立即放入5％的石炭酸溶液中浸泡數小時，先滅菌，然後再衝洗。
（5）含有瓊脂培養基的玻璃器皿的洗滌法 先用小刀或鑷子、玻璃棒將器皿中的瓊脂培養基刮下。如果瓊脂培養基已經幹燥，可將器皿放在少量水中煮沸，使瓊脂熔化後趁熱倒出，然後用水洗滌，並用刷子沾洗滌劑擦洗內壁，然後用清水衝洗幹淨。
如果器皿上沾有蠟或油漆等物質，可用加熱的方法使之熔化後揩去，或用有機溶劑（苯、二甲苯、丙酮等）擦拭；如器皿沾有焦油、樹脂等物質，可用濃硫酸或40％氫氧化鈉溶液浸泡，也可用洗滌液浸泡。
（6）光學玻璃的清洗 光學玻璃用於儀器的鏡頭、鏡片、棱鏡、玻片等，在製造和使用中容易沾上油汙、水溶性汙物、指紋等，影響成像及透光率。清洗光學玻璃，應根據汙垢的特點、不同結構選用不同的清洗劑、清洗工具及清洗方法。
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