一般衛生指示菌的選擇標準：
有一定的代表性；
易於檢出；
檢測方法簡單方便。
糞便汙染指示菌的選擇標準：
是人及溫血動物腸道正常菌群的組成部分，且數量上占優勢；
在被糞便汙染的樣品中易檢出，未被糞便汙染的樣品中不存在；
排出體外後，在外環境中存活時間與腸道致病菌大致相同或稍長；
如作為飲水指示菌，對氯的抵抗力應不低於腸道致病菌或稍長，且進入水中不繁殖；
檢驗方法簡單，易於檢出和計數。
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