取經30 ℃±1 ℃培養24 h±2 h並於室溫放置3 d～4 d的營養瓊脂培養物少許於載玻片上，滴加蒸餾水混勻並塗成薄膜。經自然幹燥，微火固定後，加甲醇作用30 s後傾去，再通過火焰幹燥，於載玻片上滴滿0.5％堿性複紅，放火焰上加熱（微見蒸氣，勿使染液沸騰)持續1 min～2 min，移去火焰，再更換染色液再次加溫染色30 s，傾去染液用潔淨自來水徹底清洗、晾幹後鏡檢。
觀察有無遊離芽胞（淺紅色）和染成深紅色的菱形、正方形或其它形狀的蛋白結晶體。如發現遊離芽胞形成的不豐富，應將培養物置室溫2 d～3 d再行檢查。放置3d～4d以上的蘇雲金芽胞杆菌培養物有大量的結晶體，但是隻有在芽胞裂解通過上述染色方法才能見到。然而，除非見到芽胞，否則培養物應在室溫繼續放置幾天以重新檢查毒素晶體。其它芽胞杆菌不產生蛋白質毒素晶體。
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