食品中的微生物標準主要有三種，一種是評價品質用的指標菌，間接地表示食品腐敗變質的程度及劣化程度，我國最常用的是菌落總數、黴菌和酵母計數。然而對奶及奶製品等低溫流通食品，需考慮低溫菌。對調味品等需考慮需氧芽胞杆菌。乳酸菌也是食品劣化的指標，但用乳酸菌生產的食品又當別論。第二種是評價安全性的致病菌，常見的食物中毒菌是重要的對象微生物，如沙門氏菌、誌賀氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌等。第三種是評價食品的質量和安全性兩方麵的指標菌，包括大腸菌群、糞大腸菌群、腸杆菌科。三者的衛生學意義由大到小依次為腸杆菌科糞大腸菌群大腸菌群。我國最常用的是大腸菌群。
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