黴菌菌絲粗長，其菌落疏鬆，呈絨毛狀、棉絮狀或蛛網狀。有的菌落呈圓形，有的無定形。由於其形成的孢子不同故其菌落常呈現肉眼可見的不同結構和色澤特征。
酵母菌菌落多類似細菌菌落，但大而厚，濕潤、粘稠、易挑起，某些菌種長時間培養而呈皺縮狀。顏色多為乳白、少數紅色。
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