肉毒梭菌繁殖體的抵抗力一般。
肉毒梭菌芽胞抵抗力很強，可耐煮沸1～6小時之久，於180 ℃幹熱5—15分鍾，120 ℃高壓蒸氣下10～20分鍾才能殺死，但不同菌型有差別，A、B及F型芽胞的耐熱性最強，C、D型次之，E型較弱，80 ℃ 20分鍾即可殺滅。10%鹽酸需60分鍾，在酒精中可存活2個月。
肉毒毒素抵抗力也較強，80 ℃ 30分鍾或100 ℃ 10分鍾才能完全破壞。正常胃液和消化酶於24小時不能將其破壞，可被胃腸道吸收而中毒。 肉毒毒素對酸性反應比較穩定，對堿性反應比較敏感。
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