為保證檢測過程和最終檢驗結果的有效性、可靠性, 應建立和實施質量控製程序對檢測過程進行監控，通過對檢測數據的統計學處理，發現其變化趨勢，從而對檢測係統做出有效判斷。
1. 監控方法 （1）定期使用標準菌種或標本菌株進行內部鑒別實驗的質量考核；（2）開展實驗室間的比對或能力驗證；參加中國實驗室國家認可委員會組織的實驗室間的比對和能力驗證工作；有可能積極參加WHO和有關國際組織組織的國際協作菌種鑒定；（3）利用相同或不同方法進行重複檢測，比較結果的一致性。
2. 檢測係統的評價 定期監測：①實驗環境的潔淨度；②滅菌方法進行驗證；③培養基的靈敏度和無菌性測定；④更換消毒劑防止汙染微生物的耐藥性及對消毒溶液的效率測定等。及時發現和糾正不符合處。
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