吸潮，導致培養基狀態發生改變
對於幹粉培養基而言，在某些空氣濕度較大的地域，或者在空氣濕度較大的季節，如果使用後沒有及時閉合包裝，長時間與空氣接觸，極易發生吸潮現象，導致培養基含水量升高，粘度增大，發生結塊現象或變色現象。
以XLD培養基為例，培養基幹粉在受潮結塊、受潮變色、和正常的幹燥均勻三種情況下，呈現截然不同的狀況
不當保存導致成分變質，造成培養基失效
某些培養基中的某些成分，在不適當的保存條件下，發生熱解、光解等化學反應，導致培養基組分發生改變，影響培養基失效。
以SS瓊脂為例，其中的中性紅指示劑見光易分解，如果長時間將培養基置於光照條件之下，中性紅分解，造成平板顏色變黃，影響培養基正常使用、判斷
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