霍亂： 在病人使用抗菌藥物前采糞便或肛拭子放入堿性蛋白腖水或卡—布運送培養基中送檢；外環境未消毒處理前采集可疑水源和食品，水體可直接采水法或紗布塊集菌法，食品一般取50-100克樣品放入無菌廣口瓶或塑料袋內。
鼠疫 ：發病早期采血、痰、淋巴結穿刺液，采靜脈血5ml，其中3 ml分離血清供血清學檢測用，其餘作鏡檢、培養和接種動物作分離病原體用。另根據各型特點，采集不同部位的材料。
傷寒副傷寒 ：發病早期未用抗菌藥前采血，靜脈采血3-5 ml，分離血清備用，攪碎血塊，放入20-30 ml葡萄糖膽汁肉湯中作分離培養，如取糞便作病原分離，應在用抗菌素前或停藥後2天采新鮮糞便3-5克。
細菌性痢疾 ：病原分離在使用抗菌藥前采肛拭或留便送檢。
流行性腦脊髓膜炎 ：采集病人咽拭子作直接鏡檢和病原分離，盡量將培養皿保溫帶到現場，進行床旁接種，並注意保溫運送；采發熱期靜脈血2-3ml，分離血清，既可作快速測定抗原亦可作為雙相血清測特異性抗體。
鉤端螺旋體： 采發病早期和恢複期血液分離血清作抗體檢測；采病人屍體或解剖動物的腎、肝、肺淋巴結。
布魯氏菌 ：布魯氏菌既可感染人和家畜，又可感染和寄生於幾十種野生動物，因此要根據具體情況進行采樣。
肘靜脈抽取病人及可疑者血2-5 ml，放入含5%檸檬酸鈉液的試管中作病原分離培養用；牲畜從頸靜脈采血，處理方法同上。
動物流產胎兒 各類牲畜的流產胎兒清水衝洗後，放入3%的來蘇兒液中浸泡30分鍾以上，在無菌條件下解剖，分別從淋巴結、肝、脾、胃內容物、肺和脊髓取樣，直接接種於培養基上。
流行性感冒 ：采發病3天內流感樣病例（T≥38℃、伴有咽痛或咳嗽症狀之一者,缺乏其它實驗室確定診斷依據 ）的咽拭子或鼻咽拭子放入5 ml采樣液中或用采樣含漱液采樣，冷藏運送至實驗室。沒有服用過抗病毒藥物
麻疹：作病毒分離的樣品，要在前驅期或出疹初期采咽拭子放入病毒保存液中迅速送回實驗室；作血清學診斷的樣品，則在出疹後1周-2周采血，必要時間隔1周再采1次
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