采樣過程應無菌操作，防止樣品汙染，在樣品采集、運輸、貯存等過程中，應采取必要的措施防止交叉汙染、環境汙染和食品中固有微生物的數量和生長能力發生變化；
根據相應的檢測方法確定檢測需要的樣品量，用無菌采樣器采集檢測所需樣品量5 倍以上的樣品，放入無菌采樣容器內，采樣量應滿足微生物指標檢驗的要求；
樣品采集後，在接近原有貯藏溫度的條件下盡快送到實驗室進行檢驗；非冷凍樣品采集後，應盡可能及時檢驗，若不能及時檢驗，應置7℃~10℃冰箱保存，在24h 內檢驗；冷凍樣品應在45℃以下不超過15min 或在2℃~5℃5mi18h 解凍，若不能及時檢驗，應放於-15℃15 若不能及24h 內檢驗；一旦解凍不得再次冷凍，保持冷卻即可。
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