以前所述的檢測方法並非完全適用於菌種的鑒定。因為在用平皿 上培養的菌體製作染色塗片時，幾乎都要造成孢子結抅不同程度的變形、裂解，或造成假 菌絲體或菌絲體斷裂為分生孢子。所以在檢測黴菌和酵母菌時，最好用載玻片培養菌體， 這種培養方法造成孢子變形和斷裂的幾率很小。即使是同樣用載玻片培養黴菌和酵母 菌,生成菌絲體時的形態也有所不同。短梗黴、地黴內孢 黴和假絲酵母等真菌，在結構上介於酵母菌和菌絲體真菌之間， 初次分離時，因培養基、溫度和培養時間等條件的不同,會兼有酵母菌和黴菌共同的菌落 特征。在分離培養過程中若菌體既形成真菌絲體，又與酵母菌有相似的生長狀態吋，建議 做進一步鑒定,這時應同時使用黴菌和酵母菌的玻片培養法培養菌體。
除了使用載玻片培養外，也可在多種平板培養塞中進行真菌的培養。因為不同的真菌對營養的要求變化很大，使用不同種的培養基可促使不同真菌形成孢子：常用的培養 基有酵母膏瓊脂、Czapck-Dox瓊脂、馬鈴薯葡萄糖瓊脂和Davis酵母鹽瓊脂。每次至少 使用兩種培養基，其中一種含較高的碳水化合物，另一種含量則較低。培養時將平板置於25℃或其他所需的溫度培養，用入射光體視顯微鏡每隔一天觀察次，持續觀察兩周。因食品中很多常見黴菌的孢子在被吸入人體後會導致過敏性反應或肺部感染，因此在進行 孢子培養的操作時應格外小心。
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