Anthony SharPe(1980)指出：“瓊脂的最大作用是通過平板計數這個獨特的技術推 動了整個微生物學的發展”，平板計數“十分獨特，與其他計數方法相比，它能直接得到所 需要的數據而非其他數據”。毫尤疑問，菌落計數方法很難得到真實的菌體數。例如，很 多菌落呈現出菌落狀或鏈狀，即使是充分稀釋的樣品，在一個菌落形成單位中可能包含了 1 一 100個或更多的細菌。在稀釋液中，樣品混勻和稀釋的時間越長，菌落和菌鏈就越容 易被分散。因此允分稀釋後的菌落數會增多；但是，混合的時間越長，造成菌體機械損傷 從而導致死亡的幾率越大。因此，實驗者得不到真實的菌體數3。.真菌菌落計數更難得 到真實的菌體數目。真菌的分生孢子很小，對食品沒有即時代謝的重要性，但每個分生孢 ？都能長成一個菌落。在稀釋時真菌的菌絲可能會被打斷，菌絲被打斷的越多，打成的段 越小，最後長出的菌落越多。直至菌絲被打成肉眼觀察不到的小段C
另外，微生物代謝產物的總量(如毒素和變質化合物)與細胞總量相關，而與菌落形成 單位關係不大。
樣品中的細菌經常處於代謝受損狀態，無法恢複生長功能、而有的培養基隻適合未被 破壞的細蒴生fe。這種情況在使用選擇性培養基時更容易發生，因此進行選擇性分離
時 的菌種複蘇尤為重要(見Andrew和Russd，1984)。在這種情況下，若需要進行活菌計數， 必須認真選擇複蘇方法，使其不會影響細菌的計數。
近年來爭論最多的問題是關於“是否存在活的但不能生長的細菌(VNCOs)"(見Xu， 等，1984;Turph等，1993)的問題。提出存在VNCOs觀點的人認為，采用簡 單的複蘇技術肯定不能複蘇這些菌。這個觀點是建立在菌落計數與顯微鏡觀察的“有代 謝活性”的細菌計數基礎t的，其中，有代謝活性的細菌是在酵母浸裔中加人萘啶酮酸 (Kogurc等，1979)，吡咯嘧啶酸或吡呱酸和萘啶酮酸的混合物(Kogure等，1984)後，培養 得釗的細菌數=實際上,這種爭論毫無意義：如果微生物菌體能在體外或體內被複蘇，那 就不可能存在“不能培養的”菌種,但是如果菌種不能被複蘇,那麽有殘佘代謝活性是否意 味著菌株娃活的？這與20世紀60年代關於“菌體活性”的爭論不同，當時,那場爭論極大 地推動了縮短被測定活菌計數周期的研究。
然而，盡管活菌計數技術，尤其是菌落計數存在各種各樣的問題，許多國家和國際食 品微生物規範中仍引用丫多種形式的活菌汁數方式[菌落計數，最近似值(MPN)計數]。 因此，在可以預見的將來，從事質量保證工作的微生物學家還必須了解以下幾點：
(1) 進行活菌計數時應采用的方式；
(2) 預防減少各種類型的實驗的和係統誤差的必要性；
(3) 這些計數方法的使用範圍。
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